مسائل مستحدثه، ترتيب نيكو و شماره داشتن فروع است و مجموعا داراى 3260 فرع است. وعلى الظاهر از نخستين آثار فقهى شيعه است كه مواد فروع با شماره و ارقام تنظيم شده است. و اين ويژگى ها موجب آسانى مراجعه مقلدين و روى آوردن به آن شد تا آنجا كه رساله نجاة العباة كه تا آن روز رائج بود به كلى منسوخ گشت.
از كتاب عروة الوثقى، نخست بخش عبادات انتشار يافت و سپس مباحثى از معاملات: (اجاره، مضاربه، مزارعه، مساقات، ضمان، حواله، نكاح، وصيت به آن افزوده شد وبالاخره بخش ديگرى تحت عنوان ملحقات مشتمل بر مباحث ربا، وقف، وكالة، عدد، و هبه، و قضاء پس از وفات ايشان منتشر شد.
مباحث اخير سيد يزدى به نحو بسيار جالبى تنظيم گرديده و در اكثر موارد به دلائل و مستندات فقهى نيز اشاره شده است.
2. حاشيه مكاسب: در ميان حاشيه پردازان مكاسب شيخ انصارى (قده)، هيچ كس مانند سيد يزدى به روش عرفى به تفقه نپرداخته است. وى در بسيارى موارد چنان عرفى انديشيده كه روش يك حقوقدان عرفى معاصر را به ذهن انسان تداعى مىكند. اين كتاب چند بار چاپ شده است 3. كتاب التعادل والترجيح: در تهران چاپ شده است.
4. رسالة، في اجتماع الامر والنهى: چاپ شده است.
5. رسالة في الظن المتعلق باعداد الصلاة وكيفية الاحتياط: در تهران چاپ شده است.
6. رسالة فى منجرات المريض: همراه با حاشيه مكاسب چاپ شده است.
7. رساله سؤال و جواب: (شرحش خواهد آمد) اواخر عمر شريف سيد يزدى، موضوع مشروطيت در ايران مطرح شد كه معركه آراء ميان فقها گرديد. اختلاف انظار و تشتت آراء به حدى رسيد كه جانبداران هر طرف قضيه، جانب ديگر را تا سر حد ارتداد فطرى رساندند. سيد يزدى مخالف مشروطه بود، طرفداران تصميم به قتل وى گرفتند، لكن رؤسا و شيوخ و عامه شيعيان عراق كه مقلد وى بودند و از طرفى (به قول صاحب اعيان الشيعه) در ايران صاحب منافع بودند و مىپنداشتند كه مشروطيت منافى منافع آنان است، خانه وى را محاصره كردند و در حفظ و حراست وى اهتمام تمام به كار بردند، تا آن كه آن غائله هائله رفع گرديد 1.
سر انجام شب سه شنبه بيست و هفتم يا هشتم رجب سال 1327 قمرى وفات كرد و در كنار درگاه طوسى صحن مقدس مرتضوى مدفون گرديد.