1 - ما كتبه في الخلل الواقع في الصلاة، فإن الشيخ قدس سره كتب رسالتين صغيرتين غير كاملتين في موضوع الخلل، طبعتا معا في المطبوعة، وقد قمنا بطبعهما مع ما كتبه في أحكام الخلل بصورة مستقلة في مجلد واحد تحت عنوان (أحكام الخلل الواقع في الصلاة).
2 - ما كتبه في صلاة الجماعة، فإنه قدس سره كتب في صلاة الجماعة مرتين: مرة بصورة شرح على الإرشاد، ومرة بصورة مستقلة، وتكرر فيهما البحت عن بعض المواضيع وطبع القسمان معا، فلم يحذف المكرر كما حذف في الاستقبال والقيام والنية....
ولا بد من أن نشير - هنا - إلى أن بعضهم قد جمع بين الرسالتين ورتبهما ترتيبا فنيا مع حذف المكررات، وتقديم بعض المطالب وتأخير بعضها الآخر، فحصل من ذلك كتاب مستقل في صلاة الجماعة، وطبع مع بعض طبعات المكاسب، جاء في مقدمته:
(فيما كتب قدس سره في صلاة الجماعة، وقد وجدت أوراقا بخطه الشريف قدس سره كتبها سابقا شرحا على الإرشاد، وأوراقا كتبها لاحقا مستقلة، فقدمت السابقة على اللاحقة وأتممتها بإلحاق اللاحقة عليها بعد حذف المكررات السابقة، وراعيت فيها الترتيب في المتفرقات، فأوجب ذلك تقديم شئ من اللاحق، وهو فضيلة الجماعة واشتراط العدالة، ونبهت في الهامش على مبدأ كل واحد منهما ومنتهاه...).
وأشار العلامة الطهراني إلى هذا فقال تحت عنوان (رسالة في صلاة الجماعة): (للشيخ الأنصاري المرتضى بن المولى محمد أمين، المتوفى (1281)، فإنه كتب أولا شرحا على الإرشاد، ثم كتب رسالة مستقلة ثم رتبتا مع إسقاط المكررات، فصار الكل رسالة واحدة مرتبة، وهي المطبوعة