هذا البيت إلى السلطان:
گر لحمك لحمي بحديث نبوي هي * بي صل على نام علي بي أدبي هي فانصرف السلطان لأجل ذلك من قتله وزاد حبه في قلبه، هكذا سمعت عن والدي الشريف الآية العلامة وعن شيخنا الأستاذ الآية الباهرة الشيخ محمد إسماعيل المحلاتي النجفي وعن أستاذي خاتم المحدثين خادم حرمي الإمامين العسكريين الآية الحجة الشيخ ميرزا محمد بن علي العسكري وعن غيرهم نور الله مراقدهم الشريفة ووفقني لأداء حقوقهم، وبقي المترجم على مكانته العلمية لدى الملك إلى أن توفي وجلس على سريره ابنه السلطان جهانگير شاه التيموري، وكان ضعيف الرأي، سريع التأثر، فاغتنم الفرصة علماء القوم وحسدتهم، فدسوا رجلا من طلبة العلم فلازم القاضي وصار خصيصا به بحيث اطمأن قدس سره بتشيعه، واستكتب ذلك الشقي نسخة من كتاب إحقاق الحق فأتى به إلى جهانگير، فاجتمع لديه علماء أهل السنة وأشعلوا نار غضب الملك في حق السيد حتى أمر بتجريده عن اللباس وضربه بالسياط الشائكة إلى أن انتثر لحم بدنه الشريف وقضى نحبه شهيدا وحيدا فريدا غريبا بين الأعداء متأسيا بجده سيد الشهداء وإمام المظلومين أبي عبد الله الحسين عليه الصلاة والسلام، وفي بعض المجاميع المخطوطة أنه بعد ما ضربوه بتلك السياط وضعوا النار الموقدة في إناء من الصفر أو الحديد على رأسه الشريف حتى غلى مخه ولحق بأجداده الطاهرين، وكانت تلك الفجيعة سنة 1019.
هذا هو القول المختار عندنا لصحة سنده وقوة مداركه، وهناك أقوال أخر في كيفية قتله، منها أن جهانگير أمر بضربه بالدبوس، فضرب حتى توفي كما في قاموس الأعلام للسامي، ومنها ما أشار إليه في الطرائق وغيره أنه ضربه السفلة والأراذل