فيه ابنه عيسى فأمره بالانصراف إلى سمرقند فرجع إليها ووثب بعاملها فقتله وملكها وذلك سنة تسعين فبعث على لحربه ابنه عيسى فلقيه رافع وهزمه وقتله فخرج علي بن عيسى لقتله وسار من بلخ إلى مرو مخافة عليها من رافع بن الليث ثم كانت نكبة علي بن عيسى وولاية هرثمة بن أعين على خراسان وكان مع رافع بن الليث جماعة من القواد ففارقوه إلى هرثمة منهم عجيف بن عنبسة وغيره وحاصر هرثمة رافع بن الليث في سمرقند وضايقه واستقدم طاهر بن الحسين من خراسان فحضر عنده وعاث حمزة الخارجي في نواحي خراسان لخلائها من الجند وحمل إليه عمال هراة وسجستان الأموال ثم خرج عبد الرحمن إلى نيسابور سنة أربع وتسعين وجمع نحوا من عشرين ألفا وسار إلى حمزة فهزمه وقتل من أصحابه خلقا وأتبعه إلى هراة حتى كتب المأمون إليه ورده عن ذلك وكانت سنة ثلاث وتسعين بين هرثمة وبين أصحاب رافع وقعة كان الظفر فيها لهرثمة وأسر بشرا أخا رافع وبعث به إلى الرشيد وافتتح بخارى وكان الرشيد قد سار من الرقة بعد مرجعه من الصائفة التي بنى فيها طرسوس على اعتزام خراسان لشأن رافع وكان قد أصابه المرض فاستخلف على الرقة ابنه القاسم وضم إليه خزيمة ابن خازم وجاء إلى بغداد ثم سار منها إلى خراسان في شعبان سنة ثنتين وتسعين واستخلف عليها ابنه الأمين وأمر المأمون بالمقام معه فأشار عليه الفضل بن سهل بأن يطلب المسير مع الرشيد وحذره البقاء مع الأمين فأسعفه الرشيد بذلك وسار معه * (وفاة الرشيد وبيعة الأمين) * ولما سار الرشيد عن بغداد إلى خراسان بلغ جرجان في صفر سنة ثلاث وتسعين وقد اشتدت عليه فبعث ابنه المأمون إلى مرو ومعه جماعة من القواد عبد الله بن مالك ويحيى بن معاذ وأسد بن خزيمة والعباس بن جعفر بن محمد بن الأشعث والسدى والحريشي ونعيم بن خازم ثم سار الرشيد إلى موسى واشتد به الوجع وضعف عن الحركة وثقل فأرجف الناس بموته وبلغه ذلك فأراد الركوب ليراه الناس فلم يطق النهوض فقال ردوني ووصل إليه وهو بطوس بشير أخو رافع أسيرا بعث به هرثمة بن أعين فأحضره وقال لو لم يبق من أجلى الا حركة شفتي بكلمة لقلت اقتلوه ثم أمر قصابا ففصل أعضاءه ثم أغمى عليه وافترق الناس ولما يئس من نفسه أمر بقبره فحفر في الدار التي كان فيها وأنزل فيه قوما قرؤا فيه القرآن حتى ختموه وهو في محفة على شفيره بنظر إليه وينادى واسوأتاه من رسول الله صلى الله عليه وسلم ثم مات وصلى عليه ابنه صالح وحضر وفاته الفضل بن الربيع وإسماعيل بن صبيح ومسرور وحسين ورشيد وكانت خلافته ثلاثا وعشرين سنة أو تزيد وترك في بيت المال تسعمائة ألف ألف دينار