إلى مشايخه هضما لنفسه وقال في خطبة بعض مصنفاته: ما كان فيه من تحقيق سمين فهو للأستاذ وما كان فيه من غث فهو لي. وهذا ما رأيته من غيره من المصنفين (انتهى) وقال حفيده في رسالته: تلي في بعض مدايحه في بحر العلوم فقال بعض الجالسين هذه مغالاة فقلت له انه يعبر عنه وعن صاحب الرياض بالعلامة على عصمة أجداده فزاد تعجبه (انتهى).
فراسته كان معروفا بالفراسة فمن فراسته الصادقة ما حدث به الفقيه الشيخ محمد طه نجف عن الشيخ الأجل الشيخ جواد نجف قال: كان بين والدي وبين صاحب مفتاح الكرامة مودة أكيدة فاجتمعا يوما وانا طفل أخدمهما بما أطيقه فكان السيد يقول لوالدي ان ولدك هذا سيكون له حظ وافر من العلم أو نحو ذلك. يقول الشيخ جواد نجف: وكانت للسيد يد بالفراسة ولم تخطئ الا في هذا الموضع يقول ذلك هضما لنفسه (ومنها) ما حدثني به بعض بني عمنا الصالحين عن الشيخ الفقيه الشيخ عبد الله نعمة العاملي قال لما عزمت على التوجه إلى رشت استشرت شيخنا صاحب الجواهر فلم يرض لي بذلك ثم مست الضرورة إلى السفر فلما كانت الليلة التي أزمعت على السفر في صبيحتها دخلت الحضرة الشريفة فوجدته خارجا منها فأخبرته بعزمي فاخذ بيدي حتى أوصلني إلى الحجرة المدفون فيها أستاذه صاحب مفتاح الكرامة فقال لي يا بني صاحب هذا القبر سبب عزي في الدنيا والآخرة وقد كنت بعد حضوري درسه حضرت درس الشيخ الأكبر الشيخ جعفر فعزم على ارسالي إلى أصفهان فاستشرت صاحب هذا القبر فمنعني وبشرني بأنني أكون صاحب المنبر الأعظم في النجف ولما رأى اصرار الشيخ جعفر على ارسالي وخشي من إجابتي له ارسل خلف والدتي وأمرها بمنعي عن ذلك و انا أنصحك كما نصحني أستاذي الذي بسببه صرت إلى ما ترى وانا مواظب على زيارة قبره وقراءة الفاتحة له كل ليلة. قال الشيخ عبد الله: وكان امر الله قدرا مقدورا فسرت في صبيحة تلك الليلة على علم من الشيخ بمعذوريتي.
(و منها) ما شاع وذاع وجاوز حد التواتر من قوله عند وقوع سبب افتراق الفرقتين المعروفتين في النجف بالزكرت والشمرت ووقوع العداوة بينهما والمقاتلة في دائم الأوقات إلى وقت احتلال الإنكليز العراق، وذلك أن بعض السادة القاطنين خارج النجف كانت له أخت فخطبها رجل فمنعها أخوها من التزويج به فشكته إلى الشيخ جعفر فأرسل في طلبه جماعة وأمرهم باحضاره قهرا ان لم يحضر طوعا فنهاه السيد عن ذلك وقال إن أحضرته قهرا لتلقحن فتنة لا تنطفي ابدا فلم يقبل حيث رأى لزوم ذلك من باب الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر فلما جاءوا إلى السيد امتنع عليهم فأرادوا احضاره قهرا فقاتلهم فقتلوه وثارت فتنة من ذلك اليوم إلى هذا العصر والقضية مشهورة وأشار إليها صاحب الجواهر في كتاب الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر وكان اسم المرأة أم السعد والخرابة المسماة خرابة أم السعد في محلة العمارة بالنجف منسوبة إليها وهي دارهم ولم تزل خرابا قرونا متعددة.
مشايخه في التدريس وقد علموا مما مر في سيرته لكننا نسرد هنا أسماءهم (1) عم أبيه أو ابن عمه السيد أبو الحسن موسى جد جد المؤلف قرأ عليه في جبل عامل (2) السيد علي الطباطبائي صاحب الرياض (3) الآقا محمد باقر بن الآقا محمد أكمل البهبهاني قرأ عليهما في كربلا (4) السيد محمد مهدي بحر العلوم الطباطبائي (5) الشيخ جعفر بن خضر الجناجي (6) الشيخ حسين نجف قرأ عليهم في النجف.
مشايخه في الإجازة يروي بالإجازة عن جماعة منهم أساتيذه في التدريس (1) البهبهاني (2) الطباطبائي (3) و (4) صاحب الرياض وكشف الغطاء ومنهم (5) المحقق الميرزا أبو القاسم القمي صاحب القوانين وتاريخ اجازته له في جمادي الأولى سنة 1206.
تلاميذه تخرج به جماعة من الفقهاء الكبار وغيرهم (1) صاحب الجواهر (2) الشيخ مهدي ابن ملا كتاب الكردي (3) الشيخ محسن الأعسم (4) السيد صدر الدين محمد بن صالح بن محمد شرف الدين بن إبراهيم بن زين العابدين الموسوي العاملي المعركي الساكن بأصبهان (5) جدنا السيد علي بن السيد محمد الأمين الذي انتهت الرياسة العلمية في جبل عامل (6) الآقا محمد علي بن الآقا محمد باقر الهزاز جريبي المازندراني النجفي (7) الشيخ جواد بن محمد تقي بن محمد المدعو بملا كتاب الكردي النجفي (8) ولد المترجم له السيد محمد وغيرهم من أفاضل العلماء.
من روى عنه بالإجازة هو أحد شيوخ الإجازة استجازه جل فضلاء عصره (1) تلميذه صاحب الجواهر (2) ولده السيد محمد (3) سبطه الشيخ رضا بن زين العابدين العاملي (4) الآغا محمد باقر الهزاز جريبي المازندراني (5) الأميرزا عبد الوهاب وتاريخ اجازته له في ربيع الأول سنة 1225 (6) الشيخ جواد بن تقي ابن ملا كتاب الكردي وغيرهم.
عقبه أعقب ولده السيد محمد ومنه الذرية وبنتا عمرت طويلا.
مصنفاته له مصنفات كثيرة (1) مفتاح الكرامة في شرح قواعد العلامة وهو أكبر مصنفاته وأحسنها وأشهرها وهو أعظم معين لتلميذه على تصنيف الجواهر وبالجملة فهو في بابه عديم النظير بين مصنفات أصحابنا وهو في اثنين وثلاثين مجلدا مخطوطا فيما يزيد عن ثلاثمائة ألف بيت وكل بيت خمسون حرفا كلها على القواعد الا مجلد القصاص فكان قد كتب بعضه على كشف اللثام ثم كتب باقيه على القواعد يحتوي على جميع كتب الفقه عدى بعض الزكاة وتمام الخمس والحج والصوم والجهاد والأمر بالمعروف والنهي عن المنكر والسبق والرماية وبعض الوصايا فإنه وصل فيها إلى آخر البحث الأول من البحثين الملحقين بالفصل الثالث من احكام تصرفات المريض وعدى النكاح وتوابعه من الطلاق والخلع والمباراة والعتق والايمان وتوابعها والكفارات والصيد والذباحة وبعض القضاء فإنه وصل فيه إلى أواخر الفصل الثاني في العقود وعدى الشهادات والحدود وبعض الجنايات فإنه ترك من أولها مقدار ورقة ونصف من سبع أوراق وابتدأ بأوائل المطلب الثاني في الجناية الواقعة بين المماليك تعليقا على كشف اللثام مقدار ثلاث أوراق من