رئيسهم سعود وأصحابه عنها خائبين وفتحوا كربلاء عنوة ونهبوها وقتلوا أهلها وهم أكثر من أهل النجف وأوفد رسالة خاصة إلى سعود بين له فيها فساد ما ينتحلونه من تكفير المسلمين ورميهم بالشرك وشرع محمد حسن خان الصدر الأصفهاني في بناء سور على النجف على يده وناهض الميرزا محمد الأخباري أكبر خصوم علماء العراق الأصوليين بعد أن تمكن من نشر دعوته واستلفت إليها أنظار الناس خصوصا في إيران حيث انتظر تغلب مذهب الأخباريين فخرج المترجم من أجل ذلك إلى الري وبلاد الجبال وألف رسائله الشهيرة في الرد عليهم وأهدى بعضها إلى فتح علي شاه القاجاري سنة 1222 وكان شيخ الاخبارية المتقدم قد اتصل به وألف له الرسائل فلم يزل المترجم إلى أن قضى على هذه الحركة.
تخرج به كثير من الفقهاء المشاهير واتفق له ما لم يتفق لغيره من تقدير الكثرة في العلم والكفاءة في ذريته إلى عشرة أظهر.
شئ من سيرته حج المترجم سنة 1198 فهناه أستاذه السيد مهدي بحر العلوم عند قدومه بقصيدة. وله حكايات في محاسن النفس والمواعظ ونفع المحتاجين مستملحة - منها -. أنه كان يحاسب نفسه ليلا - فيقول -: كنت في الصغر تسمى جعيفرا ثم صرت جعفرا ثم سميت الشيخ جعفر ثم الشيخ على الإطلاق فإلى متى تعصى الله ولا تشكر هذه النعمة - ومنها - أنه كان في أصفهان من بلاد العجم فجعل يعظ الناس وقال من جملة موعظته أن بلدكم هذه تشبه الجنة في أنهارها وجناتها وحورها وولدانها وفيها شبه أخر بالجنة وهو كأن الله رفع التكليف عن أهلها كما رفعه عن أهل الجنة - ومنها - ما في مستدركات الوسائل قال: حدثني الثقة العدل الصفي السيد مرتضى النجفي وكان ممن أدركه في أوائل عمره أن الشيخ أبطا في بعض الأيام عن صلاة الظهر فجعل الناس يصلون فرادى فلما دخل المسجد جعل يوبخهم ويقول أما فيكم من تصلون خلفه. ثم رأى بعض التجار الأخيار يصلي فقال دعونا نأتم بهذا العبد الصالح فائتم به هو والجماعة فخجل التاجر خجلا شديدا ولا يمكنه قطع الصلاة ولما فرغ من الصلاة تأخر خجلا فقال له الشيخ لا بد أن تؤمنا في الصلاة الثانية فامتنع فأصر عليه فقال هذا لا يمكن قال إذا فافتد نفسك بمال تدفعه للفقراء فاخذ منه مائتي شامي أو أزيد وفرقها على الفقراء وأعفاه من الإمامة.
بعض ما جرى له مع ميرزا محمد الاخباري قد عرفت ان له رسالة في الرد على ميرزا محمد الاخباري وفي تلك الرسالة ان الميرزا محمد نسب المترجم إلى الأموية ونسب إلى المحقق السيد محسن الكاظمي أحد أعيان فقهاء ذلك العصر وعلمائه تحليل بعض المنكرات فقال المترجم في تلك الرسالة كما في روضات الجنات مخاطبا للميرزا محمد: اعلم والله أنك نقصت اعتبارك واذهبت وقارك وتحملت عارك وأججت نارك. وعرفت بصفات خمس هي اخس الصفات وبها نالتك الفضيحة في الحياة وتناولتك بعد الممات. أولها نقص العقل، ثانيها نقص الدين، ثالثها عدم الوفاء، رابعها عدم الحياء، خامسها الحسد المتجاوز للحد وعلى كل واحد منها شواهد ودلائل لا تخفى عن العالم بل ولا الجاهل ثم ذكر من جملة شواهد نقص العقل أمورا ثالثها: انك اتيت بالعجب حيث نسبت إلى بني أمية شخصا من أهل عراق العرب وقد علم الناس ان عراق العرب محل بني العباس ومن كان فيه من بني أمية فروا منه ولم يبق منهم أحد ولم يعرف أحد من أهل العراق من أهل الصحاري والبلدان بهذا النسب وإنما ذكر أنهم صاروا فرقتين هربت إحداهما إلى بعض سواحل البحر والأخرى إلى الهند والحقوا أنفسهم ببني هاشم خوفا، ولما كان للهند طريقان أحدهما على البحر والآخر على البر فيحتمل والله أعلم ان البريين ذهب منهم جمع على طريق نيشابور فبقوا مختفين مدة ثم ذهبوا إلى الهند فصاروا هنديين نيشابوريين فجنابكم أقرب إلى هذا النسب والآثار تدل على ذلك فان الأوائل ناصبوا من قرنوا مع الكتاب وخزنة الحكمة وفصل الخطاب وأنت لما لم تدرك الأئمة طعنت بسهمك النواب ثم جناجية من أدنى القرى وأهلها من أفقر الناس فكيف عرفت أصلهم وما ظهر اسم جناجية إلا بظهور والدي حيث خرج منها إلى النجف واشتغل بتحصيل العلم وعرف بالصلاح والتقوى والفضيلة، وكان الفضلاء والصلحاء يتزاحمون على الصلاة خلفه، والسيد السند الأوحد واحد عصره وفريد دهره العابد الزاهد والراكع الساجد العالم العامل والفاضل الكامل المرحوم المبرور مولانا السيد هاشم رحمه الله تعالى قال في حقه: من أراد ان ينظر إلى وجه من وجوه أهل الجنة فلينظر إلى وجه الشيخ خضر ولما حضرت السيد الوفاة أوصى ان يقف على غسله وكانت الكرامات تنسب اليه وجميع العلماء مطلعون على حاله ونسب اليه ملاقاة صاحب الامر روحي له الفداء أو الخضر أو هما معا عليهما السلام، وانه فتحت له باب سيد الشهداء عليه السلام وسائر الأئمة عليهم السلام والله سبحانه وتعالى اعلم بالحقائق فلو كان لك عقل يدبرك لما كذبت كذبا يفضحك بين الناس ولا يوافقك عليه أحد فلو أطعتني شربت ماء الجبن وهيهات ان يؤثر معك - إلى أن قال - وأما شواهد نقص الدين فأمور - أولها - انك شغلت اللسان والقلم وصرفت ما عندك من الهمم في سب العلماء الذين جعلهم الله تعالى بمنزلة الأنبياء وجعل الراد عليهم كالراد على الله وهو على حد الشرك بالله والطعن عليهم طعن على شريعة رسول الله - صلى الله عليه وآله وسلم ولهم أسوة بالأنبياء والقائمين مقامهم من الأئمة الأمناء، فقد خرج مسيلمة الكذاب وأبو الحمار العنسي على رسول الله صلى الله عليه وآله وسلم والخوارج على أمير المؤمنين عليه السلام وخرج عن دين الاثني عشرية في كل زمان جمع قليل كالناووسية والفطحية والواقفية وغيرهم وكان الحق مع الكثير وهم الاثنا عشرية وكل من المذاهب القليلة من المبدعين وما لبست به على العوام من أن الحق مع القليل بديهي البطلان في حق الشيعة نعم في أول ظهور الإمامة أو النبوة يظهر الواحد بعد الواحد، ففي قدحك على العلماء وقصرك الحق على نفسك وشياطين آخرين معك طعن في دين الشيعة وربما استند أهل الأديان الآخر في بطلان مذهب القائلين بامامة الاثني عشر إلى قولك إذ لم يعلموا بكذبك وقبح فعلك فقالوا الامامية على ضلال إذ ليس لهم علماء سوى بعض الجهال ثم إلى أن قال: - ثانيها - أنك استعملت الكذب وادعيت انك تعمل بالعلم والمجتهدون يعملون بالظن وبالقياس وعندي والله وعندك انك العامل بالقياس والعامل بالظن لأنك تتعدى في الاحكام من غير استناد إلى أقوال الأئمة عليهم السلام وقد أردت اثبات ذلك عليك كما أثبته على جميع المدخلين أنفسهم في الأخباريين حيث اجتمعوا في مجلس الدرس في بلد الكاظميين عليهما السلام فقلت لهم لولا انكم تعملون بالقياس لكنت منكم ولولا انكم تكذبون في ادعاء العمل بالعلم وعدم الاخذ بظاهر القرآن من غير تفسير أهل البيت لكنت معكم وأثبت كل ذلك عليهم بحضور جماعة من علماء الكاظمين فطلبوا المهلة إلى ثلاثة أيام وما