وصاياه الأخلاقية وللعلامة - رحمه الله - وصايا أخلاقية كثيرة، نذكر منها اثنتين: الأولى:
الوصية التي أوردها في آخر كتابه القواعد، والثانية: التي أوصى بها ولده محمد عندما كان مشغولا بإتمام كتاب والده الألفين في إمامة أمير المؤمنين - عليه السلام -، الذي ظل ناقصا " بسبب وفاة العلامة، أما الأولى، قال فيها لابنه فخر المحققين:
اعلم يا بني أعانك الله على طاعته، ووفقك لفعل الخير وملازمته، وأرشدك إلى ما يحبه ويرضاه، وبلغك من الخير ما تأمله وتتمناه، وأسعدك في الدارين، وحباك بكل ما تقربه العين، ومد لك في العمر السعيد والعيش الرغيد، وختم أعمالك بالصالحات، ورزقك أسباب السعادات، وأفاض عليك من عظائم البركات، ووقاك الله كل محذور، ودفع عنك الشرور.
إني قد لخصت لك في هذا الكتاب لب فتاوى الأحكام، وبينت لك فيه قواعد شرائع الإسلام، بألفاظ مختصرة، وعبارة محررة، وأوضحت لك فيه نهج الرشاد وطريق السداد، وذلك بعد أن بلغت من العمر الخمسين، ودخلت في عشر الستين، وقد حكم سيد البرايا، بأنها مبدأ اعتراك المنايا، فإن حكم الله تعالى علي فيها بأمره، وقضى فيها بقدره، وأنفذ ما حكم به على العباد، الحاضر منهم والباد فإني أوصيك كما افترض الله تعالى علي من الوصية، وأمرني به حين إدراك المنية، بملازمة تقوى الله تعالى، فإنها السنة القائمة، والفريضة اللازمة، والجنة الواقية، والعدة الباقية، وأنفع ما أعده الإنسان ليوم تشخص فيه الأبصار، ويعدم عنه الأنصار.
عليك باتباع أوامر الله تعالى، وفعل ما يرضيه، واجتناب ما يكرهه، والانزجار