وسمها البعض برسالة: إبطال الجبر، التي ألفها للسلطان خدابنده، لما سأله بيان الأدلة الدالة على أن العبد مختار في أفعاله وأنه غير مجبور عليها، وقد ألف بعض علماء الهند - من غير الشيعة - قديما " كتابا " في رده، فكتب القاضي الشهيد التستري ردا " عليه سماه (النور الأنور في تنوير خفايا رسالة، القضاء والقدر) زيف فيه اعتراضات الهندي على العلامة، وقد طبعه الشيخ علي الخاقاني بالنجف الأشرف عام 1354 ق.
11 - الأسرار الخفية في العلوم العقلية - من الحكمة والكلام والمنطق، ثلاثة أجزاء، موجود في المكتبة الحيدرية بالنجف الأشرف، يرد به على الفلاسفة، ألفه باسم هارون بن شمس الدين الجويني، توجد نسخة أيضا " في مكتبة الإمام الحكيم العامة بالنجف الأشرف ويظهر أنها بخط العلامة، تقع في 460 صفحة.
12 - الإشارات إلى معاني الإشارات. مجلد، وهو من شروح العلامة على كتاب الإشارات لابن سينا.
13 - الألفين في إمامة أمير المؤمنين - عليه السلام - كتبه بطلب من ولده فخر المحققين ولم يتمه بسبب موافاة الأجل، وأتمه ولده من بعده. قال العلامة في مقدمته:
أما بعد فإن أضعف عباد الله تعالى، الحسن بن يوسف بن المطهر الحلي يقول: أجبت سؤال ولدي العزيز علي: محمد، أصلح الله أمر داريه، كما هو بر بوالديه، ورزقه أسباب السعادات الدنيوية والأخروية، كما أطاعني في استعمال قواه العقلية والحسية، وأسعفه ببلوغ آماله، كما أرضاني بأقواله وأفعاله، وجمع له بين الرئاستين، كما لم يعصني طرفة عين من إملاء هذا الكتاب الموسوم بكتاب الألفين، الفارق بين الصدق والمين. أورد فيه ألفا وثمانية وثلاثين دليلا على وجوب عصمة الإمام أمير المؤمنين - عليه السلام.