مخطوطات الكتاب المعتمدة لقد اعتمدت في تحقيق (القواعد والفوائد) على أربع نسخ خطية إضافة إلى النسخة المطبوعة بالحجر في إيران سنة 1308 ه.
والنسخ الخطية هي: الأولى: نسخة مكتبة الامام كاشف الغطاء العامة في النجف الأشرف المحفوظة تحت رقم (254).
وتقع في (208) أوراق، بمقياس (5 / x 21 12) سم. ناقصة الصفحة الأخيرة وقد أكملت بخط حديث، وهي مصححة على عدة نسخ وعليها بعض التعليقات، وفي أولها فهرس كامل للقواعد مع ترقيم لها، وقد ختمت بعض أوراقها بختم مربع كتب فيه: (لا إله إلا الله محمد رسول الله) وبتأريخ 1133 ه، وعليها تملك مؤرخ سنة 1143 ه باسم (ناصر بن الحسن المنامي البحراني) مجهولة الناسخ وتأريخ النسخ.
وقد رمزت إليها بالحرف (ك).
الثانية: نسخة مكتبة الإمام الحكيم العامة في النجف الأشرف، المحفوظة تحت رقم (2136).
تقع في (176) ورقة، بمقاس (8 / x 23 5 / 12) سم. وقد ثم نسخها على يد (حسين بن حمدان الحوارزي) في اليوم الثامن عشر من ذي الحجة من السنة الحادية والستين بعد الألف (1061) من الهجرة، وهي مقروءة ومصححة، وإن كانت لا تخلو من أخطاء وسقط.
وقد رمزت إليها بالحرف (ح).