الشيخ آقا بزرگ: " فرغ منه سنة 1222 ه‍ " 1.
2 - " مناهج الأحكام " في الأصول، في مجلدين، تم تأليفه في سنة 1224 ه‍.
وطبع على الحجر في طهران سنة 1269 ه‍. جاء في بعض المصادر بعنوان " مناهج الأصول " وفي بعضها الآخر بعنوان " مناهج الوصول إلى علم الأصول ".
3 - " عين الأصول " أيضا في الأصول. فرغ من تأليفه في الثلاثاء الخامس والعشرين من جمادي الآخرة سنة 1208 ه‍. ألفه في أوائل أمره 2.
4 - " أساس الأحكام " في الأصول أيضا، يتضمن أربعة مباحث: 1 - الكلام في الظن. 2 - الكلام في حجية الأخبار الآحاد. 3 - في نبذة من المباحث المتعلقة بالألفاظ. 4 - حكم الخبرين المتعارضين، صنفه عام 1217 ه‍.
5 - " مفتاح الأحكام " في الأصول أيضا. ذكره في " لباب الألقاب " بعنوان " مفتاح الأصول " وقال: " وقد شرحته في سالف الأيام " 3. وقال الشيخ آقا بزرگ: " مرتب على أبواب ثلاثة: 1 - في أدلة الأحكام. 2 - في ما نحتاج إليه في استخراج الأحكام. 3 - في علاج التعارض. ولكل باب مقدمة وخاتمة، فرغ منه ليلة الخميس الثامن عشر من شهر ربيع المولود 1228 ه‍ " 4.
وقال في موضع آخر: " ولسبطه الميرزا أبي تراب بن أحمد النطنزي (م 1262 ه‍) حاشية عليه " 5.
6 - " معراج السعادة " في علم الأخلاق، بالفارسية. وهو ترجمة وشرح ل‍ " جامع السعادات " لأبيه. وقد زاد عليه من عنده. صنفه عام 1226 ه‍.
وقد ذكر في مقدمته أنه ترجمه إلى الفارسية بطلب من فتح علي شاه القاجاري. وقد طبع أخيرا بتصحيح وتقديم سماحة الشيخ محمد النقدي بقم المقدسة سنة 1413 ه‍.