الحلي وهو شرح يقال أقول أوله الحمد لله ذي العز الباهر. وقال في حرف العين عين القواعد في المنطق والحكمة للكاتبي القزويني المتوفى 675 أوله بعد حمد واهب الوجود ومن شروحه إيضاح المقاصد في شرح حكمة عين القواعد أوله الحمد لله ذي العز الباهر وهو شرح يقال يقول: وبعده ما صورته: قال ولي الدين جار الله العلامة من علماء الدولة العثمانية هذا سهو من المؤلف كاتب حلبي لان إيضاح المقاصد شرح لحكمة العين لابن المطهر الحلي الشيعي لا للعين إنتهى. فظهر من ذلك إن أصل الكتاب اسمه عين القواعد وهو في المنطق فلما أضاف إليه الالاهي والطبيعي سماه حكمة العين والعلامة شرح حكمة العين بشرح سماه إيضاح المقاصد من حكمة عين القواعد ومن هنا توجه الاعتراض على كاتب جلبي بجعله إيضاح المقاصد تارة شرحا لحكمة العين وأخرى للعين مع إنه عند جعله شرحا للعين صرح بأنه شرح لحكمة العين 74 تحرير الأبحاث في معرفة العلوم الثلاثة المنطق والطبيعي والالاهي مجلد 75 نهج العرفان في علم الميزان مجلد 76 بسط الإشارات مجلد وهو شرح إشارات ابن سينا 77 تحصيل الملخص وكأنه شرح على ملخص فخر الدين الرازي في الحكمة والمنطق ذكره في جواب المسائل المهنائية وقال إنه خرج منه مجلد 78 الإشارات إلى معاني الإشارات مجلد وهو من شروحه على إشارات ابن سينا. قال الشيخ البهائي في حواشي الخلاصة إن له شرح الإشارات وإنه عنده بخطه فيمكن ان يكون هو هذا ويمكن أن يكون الذي قبله 79 لب الحكمة 80 النور المشرق في علم المنطق 81 إيضاح المعضلات من شرح الإشارات وهو شرح لشرح النصير الطوسي على إشارات ابن سينا المسمى بحل مشكلات الإشارات 82 التعليم الثاني العام عدة مجلدات خرج منه بعضها كما في بعض نسخ الخلاصة 83 كشف المشكلات من كتاب التلويحات مجلدان 84 شرح حكمة الاشراق وهو غير شرح حكمة العين.
كتب الأحاديث 85 استقصاء الاعتبار في تحرير معاني الأخبار. في الخلاصة ذكرنا فيه كل حديث وصل إلينا وبحثنا في كل حديث منه على صحة السند أو ابطاله وكون متنه محكما أو متشابها وما اشتمل عليه المتن من المباحث الأصولية والأدبية وما يستنبط من المتن والأحكام الشرعية وغيرها وهو كتاب لم يعمل مثله وأشار إليه في المختلف في مسالة سؤر كل ما يؤكل لحمه بما دل على إنه في غاية البسط 86 مصابيح الأنوار ذكرنا فيه كل أحاديث علمائنا وجعلنا كل حديث يتعلق بفن في بابه ورتبنا كل فن على أبواب ابتدأنا فيها بما روي عن النبي ص ثم من بعد بما روي عن علي ع وهكذا إلى آخر الأئمة ع 87 الدر والمرجان في الأحاديث الصحاح والحسان مجلد 88 النهج الوضاح في الأحاديث الصحاح. وهذه الأربعة ليس لها عين ولا أثر ولعله ألف من كل منها شيئا يسيرا ولم يتمها فذهبت بها حوادث الأيام 89 كتاب جامع الأخبار أو مجامع الأخبار. في الرياض نسبه إليه بعض متأخري علماء جبل عامل في بعض مجاميعه ويروي عنه بعض الأخبار المتعلقة بفضائل القرآن كما رأيته بخطه وتاريخ الكتابة سنة 1063 قال: كتاب مجامع الأخبار لشيخنا العلامة قدس الله روحه الزكية فلا يبعد حمل لفظ العلامة على شيخ له نعم أورد العلامة في أوائل كتاب المختلف حديثا وقال إني أوردته في كتاب جامع الأخبار أقول بعد وجود ذلك في المختلف وتبادر المترجم من إطلاق لفظ العلامة لا وجه لحمله على شيخ له.
كتب الرجال 90 خلاصة الأقوال في معرفة الرجال مجلد مطبوع وقد اعتنى بأقواله فيها كل من كتب في الرجال فنقلوها كلها في كتبهم مع أنه يقتصر غالبا على ما في فهرست الشيخ ورجال النجاشي وقد يزيد عنهما ونحن في هذا الكتاب لم نلتزم بذكر جميع ما فيها لما مر ووقع فيها من أغلاط تنبه لها المتأخرون عنه ونبهنا عليها في هذا الكتاب 91 كشف المقال في معرفة الرجال أكبر من الخلاصة ويحيل عليه فيها وفي إيضاح الاشتباه ولا وجود له 92 إيضاح الاشتباه في أسماء الرواة مطبوع ورتبه على النهج المألوف جد صاحب الروضات وزاد عليه أيضا علم الهدى ابن ملا محسن الكاشي وطبع من فهرست الشيخ في أوروبا 93 تلخيص الفهرست للشيخ الطوسي بحذف الكتب والأسانيد.
كتب الأدعية 94 الأدعية الفاخرة المنقولة عن الأئمة الطاهرة. عن بعض نسخ الخلاصة أنه في أربعة أجزاء 95 منهاج الصلاح في اختصار المصباح وهو مختصر مصباح المتهجد للشيخ الطوسي ألفه بالتماس الوزير محمد بن محمد القوقهدي ورتبه على عشرة أبواب ثم ألحق به الباب الحادي عشر في أصول الدين كما مر في أصول الدين.
كتب النحو 96 كشف المكنون من كتاب القانون وهو اختصار شرح الجزولية في النحو 97 بسط الكافية وهو اختصار شرح الكافية في النحو 98 المقاصد الوافية بفوائد القانون والكافية. في الخلاصة جمعنا فيه بين الجزولية والكافية في النحو مع تمثيل ما يحتاج إلى المثال 99 المطالب العلية في علم العربية.
جوابات المسائل 100 جوابات مسائل مهنا بن سنان المدني الأول 101 جوابات مسائله الثانية 102 رسالة مختصرة في جواب سؤال السلطان محمد خربندا عن حكمة النسخ في الأحكام الشرعية مذكورة في الرياض 103 رسالة في جواب سؤالين سال عنهما الخواجة رشيد الدين فضل الله الطبيب الهمذاني وزير غازان خان بن أرغون المغولي ووزير أخيه أيلجاتيو خان خربندا محمد بن أرغون. وهذه الرسالة رأيناها في طهران في مكتبة الشيخ علي المدرس.
كتب الفضائل 104 كشف اليقين في فضائل أمير المؤمنين مطبوع 105 جواهر المطالب في فضائل أمير المؤمنين علي بن أبي طالب ع.
كتب منوعة 106 مختصر شرح نهج البلاغة والظاهر أنه شرح ابن ميثم 107 شرح الكلمات الخمس لأمير المؤمنين ع في جواب كميل بن زياد.