والآداب ومعظمي الشعائر الداعين إلى الله تعالى بالأقوال والأفعال وله في المجلس الذي انعقد في دار الامارة ببغداد واجتمع فيه علماء الشيعة من أهل المشهدين وهو مقدمهم ورئيسهم وعلماء السنيين بأمر الوالي لتحقيق حال الملحد الذي أرسله علي محمد الشيرازي الملتب بالباب ليدعو الناس إلى مزخرفاته وملفقاته مقام محمود ويوم مشهود بيض به وجوه الشيعة وأقام به أعلام الشريعة من أراد شرح ذلك ومعرفة جملة من حالاته وعباداته ونوادره وكراماته فعليه برسالة بعض فضلاء الطائفة الجعفرية في شرح حال آل جعفر كثرهم الله تعالى اه. ويأتي ذكر ذلك في أخباره وكتب ولده الشيخ عباس رسالة في ترجمته سماها نبذة الغري في ترجمة الحسن الجعفري.
وذكره سبط أخيه الشيخ علي ابن الشيخ محمد رضا ابن الشيخ موسى ابن الشيخ جعفر الكبير في كتابه الطبقات فقال كان فقيه زمانه وعلامة عصره وأوانه أورعهم وأزهدهم وأعبدهم وأصدقهم وأفقههم حتى أن الشيخ محسن خنفر كان يفضله على أبيه الشيخ جعفر كان أصوليا مجتهدا بصيرا بالاخبار واللغة منشئا بليغا شاعرا كتب ولده الشيخ عباس رسالة في ترجمته وذكر انه اجتهد وعمل برأيه قبل بلوع العشرين وهو مضمون قول القائل:
سل عنه وأخبر به وانظر إليه تجد ملء المسامع والأفواه والمقل وإنما القول فيه عالم علم ضرب الزجاج لنور الله في المثل أقام مدة في الحلة أيام حياة أخيه الشيخ علي ولما توفي اخوه سنة 1253 رجع إلى النجف وحل محله واشتغل بالتدريس واجتمع عليه الفضلاء والعلماء وقرأوا عليه واستجازه كثير منهم وكانت ترد عليه الأسئلة من الأقطار فيجيب عنها بأسرع وقت وفي بعض مسوداتنا أنه جلس في دست الرياسة في عصر صاحب الجواهر ويقال أن المرجعية في الفتاوى لأهل الأقطار وأمر الحكومات كان إلى صاحب الجواهر أكثر منه لكن احترامه في الصدور والاقتداء به في الصلاة أكثر من صاحب الجواهر بل يقال أن مجلس درسه كان أجمع من سائر المجالس.
أخباره قال سبط أخيه المقدم الذكر: لما فتح نجيب باشا والي بغداد كربلاء وفعل ما فعل من القتل والأسر والنهب قدم إلى النجف بعساكره وكان غرضه أن يفعل فيها كما فعل في كربلاء فأضافه المترجم هو وعساكره وكانوا خمسة آلاف أو ثلاثة آلاف وأظهر له طاعة أهل النجف وبتدبيره وبركاته دفع الله غائلته عن النجف ورجع بعد ما أقام فيها ثلاثة أيام ولم يصب أحد منها بسوء وكذلك صرفه عن محاربة باقي أهل العراق ورجح له الرجوع إلى بغداد فرجع وذلك سنة 1258.
ولما جاء إلى العراق رجل داعية للسيد علي محمد الملقب بالباب مؤسس مذهب البابية في عهد نجيب باشا المذكور دعا الباشا علماء النجف وكربلاء لمناظرته فحضر من النجف هو وولدا أخيه الشيخ محمد والشيخ مهدي ومن كربلاء السيد إبراهيم القزويني والميرزا حسن كوهر فلما حضروا في مجلس الوالي وحضر معهم مفتي بغداد حكم المفتي بقتل الرجل وعدم قبول توبته وقال المترجم أنه يستتاب فان تاب قبلت توبته وتناظرا فاثبت المترجم قوله من كتب الحنفية وكانت له الغلبة على المفتي وخرج من المجلس ظافرا اه. وهي المناظرة التي أشار إليها صاحب المستدركات كما مر.
مشايخه قال سبط أخيه الشيخ علي المقدم ذكره: تتلمذ على عدة مشايخ أجازوه في الرواية وشهدوا باجتهاده وقال غيره أخذ عن مشاهير أئمة عصره 1 والده الشيخ جعفر 2 اخوه الشيخ موسى 3 السيد جواد العاملي صاحب مفتاح الكرامة 4: الشيخ أسد الله التستري 5 المحدث السيد عبد الله شبر 6 الشيخ علي البحراني 7 الشيخ سليمان القطيفي وغيرهم 8 ويروي إجازة عن أخيه الشيخ علي.
تلاميذه قال سبط أخيه المقدم ذكره قرأ عليه جماعة واستجازه كثير منهم 1 السيد مهدي القزويني 2 الشيخ مشكور الحولاوي 3 الشيخ جواد نجف 4 الحاج ملا علي ابن الميرزا خليل 5 أخوه الميرزا حسين 6 الشيخ أحمد الدجيلي 7 الشيخ حسن البلاغي 8 الشيخ محمد حسين الأعسم 9 السيد إسماعيل البهبهاني 10 الشيخ مرتضى الأنصاري 11 الشيخ عبد الحسين الطهراني 12 السيد حسين الطباطبائي آل بحر العلوم 13 الحاج ميرزا علي تقي الحائري سبط صاحب الرياض 14 و 15 الشيخ محمد والشيخ مهدي ابنا أخيه 16 ابن أخته الشيخ راضي ابن الشيخ محمد الفقيه النجفي المشهور 17 ابن أخته الشيخ محمد باقر ابن الشيخ محمد تقي صاحب حاشية المعالم 18 و 19 ابنا أخته أولاد الشيخ أسد الله صاحب المقابيس وهما الشيخ حسن والشيخ إسماعيل 20 الشيخ حسن المامقاني المشهور 21 الشيخ عبد الرحيم البروجردي وفي بعض المواضع البادكوبي 22 السيد عبد الباقي الكيلاني وغيرهم وأغلب من قرأ على صاحب الجواهر قرأ عليه ويعسر إحصاء تلاميذه اه. 23 ويروي عنه إجازة الميرزا جعفر ابن الميرزا أحمد التبريزي 24 والشيخ محمد قاسم بن محمد بن علي بن قاسم النجفي من بيت المشهدي.
مؤلفاته 1 أنوار الفقاهة وهو أشهر مصنفاته عزيز النظير يجمع الفقه كله إلا الصيد والذباحة والسبق والرماية والحدود والديات جمع فيه بين الايجاز والأدلة والتفريع وفي مستدركات الوسائل هو من الكتب النفيسة في هذا الفن اه. ومن مجلداته كتاب الإرث 2 شرح مقدمات كشف الغطاء في الأصول لوالده 3 تكملة شرح أبيه على قواعد العلامة من بيع الصرف إلى آخر الخيارات وبعض يقول من أول الخيارات إلى آخر البيع 4 تكملة بغية الطالب الذي هو في الطهارة والصلاة بالحاق الصوم والاعتكاف به كذا في الذريعة لكن ببالي ان بغية الطالب مشتملة على الصوم 5 رسالة في البيع كثيرة الفروع مع الاقتصار على الفتوى ألفها لعمل المقلدين بالتماس جمع من أهل أصفهان 6 رسالة عملية في العبادات 7 رسالة في الإمامة لم تخرج إلى البياض 8 السلاح الماضي في آداب القاضي 9 كتاب في علوم متفرقة لم يخرج إلى البياض 10 أجوبة مسائله.