الشيعة في أحكام الشريعة سبعة مجلدات. في الخلاصة: ذكرنا فيه خلاف علمائنا خاصة وحجة كل شخص والترجيح لما نصير إليه مطبوع منه أو من المنتهي جزء بخط المؤلف من موقوفات الخزانة الغروية كان استعارها السيد محمد سعيد الحبوبي النجفي من الخازن وتوفي وهي عنده فوقعت في يد بعض من ينتمي إلى العلم من أهل النجف وبقيت عنده ولم يرجعها إلى الخزانة وأرانيها سنة 1352 حين تشرفي بزيارة العتبات الشريفة مظهرا إنها من كتبه ومفتخرا بذلك 7 تبصرة المتعلمين في احكام الدين مطبوع وعليه شروح كثيرة لأهل هذه الأعصار ولنا عليه شرح مختصر مطبوع معه 8 تذكرة الفقهاء. في الخلاصة خرج منه إلى النكاح أربعة عشر جزءا مطبوع في مجلد واحد كبير 9 إرشاد الأذهان إلى أحكام الايمان. وفي الذريعة مجلد حسن الترتيب مبلغ مسائله خمسة عشر ألف مسالة. وهو كثير الحواشي ذكر منها صاحب الذريعة 38 شرحا وحاشية لأهل العصر ومنها نحو عشرين شرحا لمشاهير العلماء القدماء من جملتها تسعة شروح لعلماء العامليين القدماء. ومن شروحه شرح يسمى الهادي إلى الرشاد. في الرياض: لم أعلم مؤلفه وهو من أحسن الشروح ولعله ذكر المذكور في الذريعة قال الهادي إلى الرشاد في شرح الارشاد للشيخ إبراهيم القطيفي 10 تسليك الأفهام في معرفة الأحكام مجلد وكأنه منه أخد الشهيد الثاني اسم كتابه مسالك الأفهام 11 تسبيل الأذهان إلى أحكام الايمان مجلد 12 مدارك الأحكام في الإجازة يخرج منه الطهارة والصلاة مجلد منه اخذ صاحب المدارك اسم كتابه 13 قواعد الأحكام في معرفة الحلال والحرام مجلدان كثير الشروح والحواشي مسائله 6600 مسالة. في الرياض عن بعض تلاميذ المجلسي إنه أجود تصانيفه ألفه في عشر سنين وفرع منه سنة 720 واشتغل بدرسه ببغداد إنتهى. وفي وصية العلامة لولده التي في آخر القواعد ما يدل على أنه فرع منه بعد ان بلغ الخمسين ودخل في عشر الستين فيكون عمره عند الفراع منه 51 سنة فإذا كانت ولادته سنة 648 كان فراغه من تأليفه سنة 699 لا سنة 720 وعلى القواعد شروح وحواش كثيرة منها شرح فخر الدين ولد العلامة. وشرح السيد عميد الدين ابن أخت العلامة. وجامع المقاصد للمحقق الكركي. وكشف اللئام للفاضل الهندي. وشرح المولى عبد الله التستري. وحاشية الشهيد الأول. وحاشية الشهيد الثاني اسمها نكت القواعد. ومفتاح الكرامة للسيد جواد العاملي. وشرح الشيخ جعفر الجناجي النجفي 14 نهاية الأحكام في معرفة الأحكام 15 تهذيب النفس في معرفة مذاهب الخمس 16 تنقيح قواعد الدين المأخوذة عن آل يس ذكر الأخيرين في إجازته لمهنا بن سنان والظاهر إنهما في الفقه 17 المنهاج في مناسك الحاج ذكره في الخلاصة 18 رسالة في واجبات الحج وأركانه من دون ذكر الأدعية والمستحبات ونحوها. في الرياض وهذه الرسالة متأخرة عن المنهاج في مناسك الحاج على ما يظهر من الديباجة 19 المعتمد في الفقه. في الرياض نسبه إليه بعض العلماء ولعل الناسب من تلامذته قال وقد نسبه إليه في حواشي الخلاصة على ما رأيت نسخة من الخلاصة في بلدة ساري من بلاد مازندران وكان عليها بلاغات من العلامة نفسه أقول المعتمد ينقل عنه جدي كثيرا في شرح منظومة بحر العلوم وينقل عنه ابن فهد في المهذب البارع 20 رسالة في واجبات الوضوء والصلاة ألفها باسم الوزير ترمتاش ذكرها صاحب الرياض.
كتب أصول الفقه 21 النكت البديعة في تحرير الذريعة للسيد المرتضى 22 غاية الوصول وإيضاح السبل في شرح مختصر منتهى الوصول السؤل والأمل في علمي الأصول والجدل لابن الحاجب 23 مبادي الوصول إلى علم الأصول مطبوع 24 نهج الوصول إلى علم الأصول 25 نهاية الوصول إلى علم الأصول أربعة مجلدات عندي نسخة منه في مجلدين كبيرين 26 تهذيب طريق الوصول إلى علم الأصول كما في كشف الظنون وفي الخلاصة تهذيب الوصول صنفه باسم ولده فخر الدين مطبوع كان عليه مدار التدريس في العراق وجبل عامل قبل المعالم وعليه شروح وحواش كثيرة جدا مذكورة في الذريعة منها شرح يعرف بالعميدي كان عليه مدار التدريس في العراق وجبل عامل قبل المعالم ولا أدري أهو شرح السيد عميد الدين ابن أخت العلامة أم شرح السيد حسين العميدي النجفي شيخ مشايخ السيد حسين بن حيدر الكركي والظاهر أنه الأول ومنها شرح لأخيه السيد ضياء الدين ابن أخت العلامة وجمع الشرحين الشهيد الأول في كتاب سماه جامع البين بين الشرحين وعمل والد البهائي كتابا سماه اصلاح جامع البين ومنها شرح شمس الدين محمد الخضري المتوفي 810 تقريبا مذكور في كشف الظنون ولم يذكره المعاصر لأنه ليس من الشيعة ومنها شرح يسمى نهاية التقريب في شرح التهذيب عندي منه نسخة في مجلدين كبار ذهب أوله وذكر صاحب الذريعة إن نهاية التقريب هو للشيخ عبد النبي بن سعد الجزائري ومنها شرح للأمير جمال الدين محمد الأسترآبادي. في الرياض نقلا عن الميرزا محمد أمين الأسترآبادي الأخباري في أواخر الفوائد المدنية نقلا عن هذا الشرح إنه اشتهر بين العلماء إن تهذيب الأصول للعلامة مختصر من مختصر الحاجبي المختصر من المنتهى للحاجبي المختصر من أحكام الآمدي المختصر من محصول الفخر الرازي المختصر من معتمد أبي الحسين البصري المتكلم المعتزلي المتوفي 436 انتهى. وكان يومي بطرف خفي إلى أن أصل علم الأصول من غير الشيعة وإن العلامة أخذ منهم، ترويجا لرأي الاخبارية. ومع كون الحق حقيقا أن يتبع أينما وجد فقد صنف في الأصول قبل العلامة الشيخ الطوسي المعاصر لأبي الحسين البصري والمرتضى والشيخ المفيد المتقدمان على أبي الحسين البصري 27 منتهى الوصول إلى علمي الكلام والأصول ذكره في إجازة السيد مهنا في عداد كتب أصول الفقه ولولا ذلك لظن أنه في أصول الدين لذكر الأصول فيه مع الكلام والكلام أنسب بأصول الدين.
كتب علم الكلام وأصول الدين والاحتجاج والجدل 28 نظم البراهين في أصول الدين 29 معارج الفهم في شرح النظم في الكلام 30 الأبحاث المفيدة في تحصيل العقيدة في الكلام وعليه شرح للشيخ ناصر بن إبراهيم البويهي وشرح لملا هادي السبزواري 31 نهاية المرام في علم الكلام 32 كشف الفوائد في شرح قواعد العقائد في الكلام 33 مناهج اليقين أو منهاج اليقين في أصول الدين وعليه شرح لابن العتائقي موجود في الخزانة الغروية سماه الايضاح والتبيين 34 تسليك النفس إلى حضرة القدس في نكات علم الكلام ودقائقه 35 نهج المسترشدين في أصول الدين مطبوع مع شرحه للمقداد السيوري 36 كشف المراد في شرح تجريد الاعتقاد للنصير الطوسي في الكلام مطبوع وله شرح منطقه خاصة سماه الجوهر النضيد في شرح