منطق التجريد يأتي 37 أنوار الملكوت في شرح الياقوت لإبراهيم النوبختي في الكلام 38 مقصد الواصلين أو مقاصد الواصلين في معرفة أصول الدين 39 منهاج الهداية ومعراج الدراية في الكلام 40 كشف الحق ونهج الصدق صنفه باسم السلطان الجايتو خربندا محمد غياث الدين المغولي كما صرح به في خطبته وهو الذي رده الفضل بن الروزبهان ورد على الفضل القاضي نور الله مطبوع ببغداد ولكن طابعه لم يحسن ترتيبه 41 النهج الحق ذكره بعض تلاميذ الشيخ على الكركي ويمكن أن يكون هو الذي قبله فان صاحب البحار في مقدماته سماه نهج الحق وكشف الصدق 42 الهادي ذكره بعض تلاميذ الكركي أيضا وصاحب الرياض لم أجده في مؤلفاته 43 واجب الاعتقاد في الأصول والفروع وعليه شرح للمقداد السيوري وعندنا منه نسخة مخطوطة عليها شرح لعبد الواحد ابن الصقي النعماني اسمه نهج السداد إلى شرح واجب الاعتقاد. في الرياض هي رسالة صغيرة معروفة وعليها شروح عديدة وهي غير رسالة واجب الاعتقاد الكبير لولده 44 تحصيل السداد شرح واجب الاعتقاد المذكور مطبوع معه 45 منهاج الكرامة أو تاج الكرامة في إثبات الإمامة وسماه صاحب كشف الظنون منهاج الاستقامة مطبوع مستقلا وعلى هامش بعض طبعات الألفين صنفه باسم السلطان الجايتو محمد غياث الدين المغولي وهو الذي رد عليه ابن تيمية بكتاب سماه منهاج السنة ورد على منهاج السنة السيد محمد مهدي القزويني المعاصر بكتاب سماه منهج الشريعة في مجلدين مطبوع 46 كتاب الألفين الفارق بين الصدق والمين ذكر فيه ألف دليل على إمامة ضمير المؤمنين ع وألف دليل على إبطال شبه المخالفين ورتبه ولده فخر المحققين محمد بن الحسن ولم يكن مرتبا. وليس الموجود في النسخ المتداولة من الألف الثاني إلا يسير والظاهر إن ولده لم يظفر ببقيته أو إن تأليفه لم يتم ففي آخر إحدى النسخ المطبوعة فهذا آخر ما أردنا إيراده في هذا الكتاب من الأدلة الدالة على وجوب عصمة الامام وهو 1038 دليلا وهو بعض الأدلة فان الأدلة على ذلك لا تحصى وهي براهين قاطعة لكن اقتصرنا على ألف دليل لقصور الهمم عن التطويل وذلك في غرة رمضان المبارك سنة 712 وكتب حسن بن مطهر ببلدة جرجان في صحبة السلطان الأعظم غياث الدين محمد أولجايتو خلد الله ملكه وكتب ولده فخر الدين بعد هذا الكلام ما صورته: هذا صورة خط المصنف والدي قدس الله سره وكتب هذا من النسخة بياضا ووافق الفراع منه في 17 ربيع الأول من سنة 754 بالحضرة الشريفة الغروية صلوات الله على مشرفها والحمد لله وحده.
وكتب ولد فخر الدين بعد هذا الكلام: هذا صورة خط والدي أدام الله أيامه 47 الرسالة السعدية في الكلام مطبوعة صنفها باسم سعد الدين الساوجي وزير غازان وأولجايتو وعندنا منها نسخة مخطوطة قال في أولها: أوضحت في هذه الرسالة السعدية ما يجب على كل عاقل اعتماده في الأصول والفروع على الاجمال ولا يحل لأحد تركه ولا مخالفته في كل حال 48 التناسب بين الأشعرية وفرق السوفسطائية 49 الباب الحادي عشر في أصول الدين الحقه بمختصر مصباح المتهجد المسى بمنهاج الصلاح الآتي في كتب الأدعية لان المختصر عشرة أبواب فالحق به الباب الحادي عشر في أصول الدين مطبوع مع شرح المقداد السيوري عليه مرارا لا تحصى وعليه شروح أنهاها صاحب الذريعة إلى 22 شرحا 50 استقصاء النظر في القضاء والقدر وفي الخلاصة استقصاء البحث والنظر عندنا منه نسخة وكأنها هي التي سماها بعضهم رسالة إبطال الجبر ألفها للشاه خربندا الجايتو محمد لما سأله بيان الأدلة الدالة على أن للعبد اختيارا في أفعاله وإنه غير مجبور عليها وألف بعض علماء الهند من غير الشيعة كتابا في رده فألف القاضي نور الله كتابا في الرد على الرد سماه النور الأنور والنور الأزهر في تنوير خفايا رسالة القضاء والقدر وزيف فيه اعتراضات الهندي على العلامة الحلي 51 رسالة في خلق الأعمال 52 منهاج السلامة إلى معراج الكرامة مذكور في كشف الظنون 53 رسالة تحقيق معنى الايمان ونقل الأقوال فيه رآها صاحب الرياض في بلدة هراة وهي بخط بعض تلاميذ الشيخ حسين بن عبد الصمد العاملي 54 أربعون مسالة في أصول الدين 55 إيضاح مخالفة السنة يمكن عده من كتب الاحتجاج والجدل لاشتماله على بيان مخالفات لنص الكتاب والسنة ويمكن عده من كتب التفسير لما فيه من تفسير الآيات وبيات مداليلها. في أمل الآمل. رأينا له نسخا منها نسخة قديمة في الخزانة الموقوفة الرضوية سلك فيه مسلكا عجيبا والذي وصل الينا منه هو المجلد الثاني وفيه سورة آل عمران لا غير.
آداب البحث 56 رسالة في آداب البحث مختصرة.
كتب التفسير 57 نهج الايمان في تفسير القرآن في الخلاصة ذكرنا فيه ملخص الكشاف والتبيان وغيرهما والتبيان هو تفسير الشيخ الطوسي 58 القول الوجيز أو السر الوجيز في تفسير الكتاب العزيز. ومر أن له إيضاح مخالفة السنة يصلح أن يعد من كتب التفسير ومن كتب الاحتجاج والجدل وذكر بعضهم إنه رأى له تلخيص الكشاف والظاهر إنه المتقدم.
كتب المعقول 59 القواعد والمقاصد في المنطق والطبيعي والالاهي 60 الأسرار الخفية في العلوم العقلية من الحكمة والكلام والمنطق مجلد يرد به على الفلاسفة ألفه باسم هارون بن شمس الدين الجويني نسخته بخط المؤلف في الخزانة الغروية 61 كاشف الأستار في شرح كشف الأسرار مجلد 62 الدر المكنون في علم القانون في المنطق 63 المباحثات السنية والمعارضات النصيرية 64 المقاومات. في الخلاصة باحثنا فيه الحكماء السابقين وهو يتم مع تمام عمرنا 65 حل المشكلات من كتاب التلويحات 66 إيضاح التلبيس من كلام الرئيس في الخلاصة: باحثنا فيه الشيخ ابن سينا في الخلاصة وفي إجازة مهنا كشف التلبيس وبيان سهو الرئيس 67 مراصد التدقيق ومقاصد التحقيق في المنطق والطبيعي والالاهي 68 المحاكمات بين شراح الإشارات ثلاثة مجلدات 69 كشف الخفا من كتاب الشفا في الحكمة لابن سينا خرج منه مجلدات 70 القواعد الجلية في شرح الرسالة الشمسية في المنطق 71 الجوهر النضيد في شرح منطق التجريد 72 نهج العرفان في علم الميزان في المنطق 73 إيضاح المقاصد من حكمة عين القواعد وهو شرح لكتاب حكمة العين للكاتبي القزويني ذكره صاحب كشف الظنون فقال في حرف الحاء حكمة العين للكاتبي القزويني المتوفى 675 أوله: سبحانك اللهم يا واجب الوجود ذكر فيه إن جماعة من الطلبة لما فرغوا من بحث الرسالة المسماة بالعين في المنطق من تأليفه التمسوا منه ان يضيف إليها رسالة في الالاهي والطبيعي فأجاب ثم قال ومن شروحه شرح جمال الدين حسن بن يوسف