باقر بن المقدس السيد حيدر، حيث قرأ عليهما النحو والصرف، والشيخ العلامة أحمد العطار قرأ عليه المعاني والبيان والبديع، والشيخ محمد بن الحاج كاظم والميرزا باقر السلماسي قرأ عليهما المنطق.
كما قرأ الفقه والأصول على يد والده رحمه الله. وما ان بلغ الثامنة عشر من عمره حتى خرج من سطوح الفقه والأصول.
وفي هذه المرحلة بالذات قد (فشى ذكره في التحصيل على ألسنة الخاصة والعامة من أهل بلده، ورن صيته بالعقل والفضل والهدى والرأي وحسن السمت في تلك الناحية، فكان المثل الاعلى من شباب الفضيلة، في حمد السيرة وطيب السريرة، وجمال الخلق وكمال الخلق) (1).
2 - رحل إلى مدينة النجف الأشرف عام (1290 ه‍) لاكمال دراسته في جامعتها العلمية (الحوزة)، فبدأ بدراسة علمي الكلام والحكمة على يد المولى الشيخ محمد باقر الشكي ثم على المولى الشيخ محمد تقي الكلبايكاني والشيخ عبد النبي الطبرسي، وقد تميز رحمه الله في هذه المرحلة بجدية فائقة حتى أشير إليه بالبنان من قبل العلماء الأعلام (وقد نوه شيوخ الاسلام أساتذته باسمه، وشادوا بفضله، مصرحين بعروجه إلى أوج الاجتهاد، وقدرته على استنباط الأحكام الشرعية الفرعية عن أدلتها التفصيلية) (2).
3 - انتقل إلى مدينة سامراء عام (1297 ه‍) حيث التقى بالمجدد الكبير الامام الشيرازي الذي ارتحل إلى هناك من قبل عام (1291 ه‍). وقد حظي الطالب المجد بمكانة عند سيده الأستاذ (3) حيث اهتم به اهتماما متميزا، وخصه بالمذاكرة والمباحثة كما أكد ذلك شرف الدين رحمه الله حيث قال:
(وكنت أيام هجرتي العلمية إلى سامراء وذلك سنة (1310 ه‍) أرى المقدس الميرزا محمد تقي الشيرازي يبكر في كل يوم إلى بيت السيد للبحث ثم ينصرف إلى درسه العام