كاد يموت عطشا، فأقبلوا به نحو فسطاط مصر. قال ووثب أخوه عبد الرحمن بن أبي بكر إلى عمرو بن العاص وكان في جنده فقال: أتقتل أخي صبرا؟! ابعث إلى معاوية بن خديج فانهه، فبعث إليه عمرو بن العاص يأمره أن يأتيه بمحمد بن أبي بكر! فقال معاوية: أكذاك قتلتم كنانة بن بشر (وهو سكوني من قبيلته) وأخلي أنا عن محمد بن أبي بكر هيهات؟! أكفاركم خير من أولئكم أم لكم براءة في الزبر. فقال لهم محمد: أسقوني من الماء، قال له معاوية بن حديج: لا سقاه الله إن سقاك قطرة أبدا، إنكم منعتم عثمان أن يشرب الماء حتى قتلتموه صائما محرما، فتلقاه الله بالرحيق المختوم! أتدري ما أصنع بك؟ أدخلك في جوف حمار ثم أحرقه عليك بالنار! فقال له محمد: إن فعلتم بي ذلك فطالما فعل ذلك بأولياء الله! فقدمه فقتله ثم ألقاه في جيفة حمار ثم أحرقه بالنار! فلما بلغ ذلك عائشة جزعت عليه جزعا شديدا وقنتت عليه في دبر الصلاة تدعو على معاوية وعمرو). وفي الغارات للثقفي: 2 / 756: (فدخلوا إليه وربطوه بالحبال وجروه على الأرض وأمر به أن يحرق بالنار في جيفة حمار! ودفن في الموضع الذي قتل فيه فلما كان بعد سنة من دفنه أتى غلامه وحفر قبره فلم يجد فيه سوى الرأس، فأخرجه ودفنه في المسجد تحت المنارة... ولما سمعت أمه أسماء بنت عميس بقتله كظمت الغيظ حتى شخبت ثدياها دما. ووجد (حزن) عليه علي بن أبي طالب عليه السلام وجدا عظيما وقال: كان لي ربيبا وكنت أعده ولدا ولبني أخا). ثم ذكر الثقفي شماتة رملة والكبش الذي شوته وأرسلته هدية إلى عائشة!
وفي المواعظ والاعتبار للمقريزي / 1672: (فكانت ولاية محمد بن أبي بكر خمسة أشهر ومقتله لأربع عشرة خلت من صفر، سنة ثمان وثلاثين). (وكامل ابن الأثير: 3 / 229، والبدء والتاريخ: 5 / 226، ولآلئ الأخبار: 1 / 169، وتاريخ دمشق: 49 / 426، وتهذيب