نيابي كان هو والسيد الأصفهاني معارضين في ذلك الوضع لأنهما يريدان خيرا منه ولهما الكلمة النافذة فأبعدا إلى إيران في أواخر سنة 1341 وجاءا إلى قم وأقاما بها سنة كاملة واحتفى بهما الشيخ عبد الكريم الزيدي المقيم في قم في ذلك الوقت احتفاءا زائدا وجعلت طلاب مدرسته تقرأ عليهما وحصل لهما في إيران استقبالات حافلة في كل بلد مرا به ثم أعيدا إلى العراق بعد ما شرط عليهما ان لا يتدخلا في أمور الملكة السياسية وعادا إلى النجف.
مشايخه 1 الشيخ محمد باقر الأصفهاني 2 الميرزا محمد حسن النجفي 3 الميرزا السيد محمد حسن الشيرازي 4 السيد محمد الفشاركي الأصفهاني 5 المولى فتح علي جونابادي 6 الميرزا حسين النوري 7 الشيخ محمد تقي الشيرازي وغيرهم وقال السيد هبة الدين الشهرستاني فيما كتبه في حقه كنت أراه في سامراء يراجع في علمي التفسير والحديث المولى فتحلى الجونابادي والميرزا حسين النوري وفي علمي الفقه والأصول الميرزا محمد تقي الشيرازي والسيد محمد الأصفهاني اه‍. وما يقوله البعض من أنه حضر درس الشيخ مرتضى الأنصاري مستشهدا بأنه كان يقول: والى هذا القول ذهب استاذنا الأنصاري في بحثه لا يكاد يصح فالأنصاري توفي سنة 1281 وهو ولد حوالي سنة 1273 كما مر فيكون عمره عند وفاة الأنصاري سبع سنين.
تلاميذه وهم كثيرون منهم 1 السيد أبو القاسم الخوئي النجفي 2 الشيخ محمد علي الكاظمي الخراساني صاحب فوائد الأصول 3 الشيخ موسى الخوانساري النجفي صاحب منية الطالب في شرح المكاسب وغيرهم.
مؤلفاته 1 تنبيه الأمة المشار إليه آنفا مطبوع 2 رسالة لعمل المقلدين مطبوعة 3 حواشي العروة الوثقى مطبوعة على حدة 4 رسالة في اللباس المشكوك 5 رسالة في احكام الخلل في الصلاة 6 رسالة في نفي الضرر 7 رسالة في التعبدي والتوصلي 8 أجوبة مسائل المستفتين جمعها بعض تلاميذه 9 تقريرات بحثه في الأصول المسمى أجود التقريرات لتلميذه السيد أبو القاسم الخوئي في مجلدين وعليها تعليقة منه ولتلاميذه عدة مؤلفات اكتسبوا فوائدها من محاضرات درسه.
مراثيه رثي بمرات كثيرة فمن قصيدة الشيخ محمد علي اليعقوبي قوله:
بكى البلد الأمين عليك شجوا * فجاوب صوته البلد الحرام وراع الخطب فارس فاستشاطت * وشاطرت العراق به الشام وعم بك الأسى شرقا وغربا * كما عمت مواهبك الجسام أهالوا الترب منك على محيا * به في المحل يستسقى الغمام تجهم وجه هذي الأرض حزنا * عليك وطبق الأفق الظلام فجرح الدين بعدك ليس يؤسى * وصدع العلم ليس له التئام فكم لك دونه وقفات عز * تخبر انك البطل الهمام هي الأيام لم تحفظ لديها * عهود لا ولا يرعى ذمام ورحت مزودا عملا وعلما * وزاد سواك في الدنيا الحطام مضيت وعمرك الثاني سيبقى * وكم ذكر به تحيى الكرام وما الإنسان بعد الموت الا * مآثر تستفيد بها الأنام وهان الخطب بعدك مذ وثقنا * بان حمى الشريعة لا يضام لئن فقد الحسين فما المعزى * به الا أبو الحسن الامام به الاحكام قد شدت عراها * وهل للعروة الوثقى انفصام وكيف تضل قوم عن هداها * وفي يمنى أبي الحسن الزمام إذا النادي حواه فليس يدري * أ يذبل قد تصدر أم شمام أبا حسن وأنت لنا غياث * لدى الجلي وفي البلوى عصام ففيك وقد سلمت لنا عزاء * وللدين السلامة والسلام ومن قصيدة الشيخ محمد رضا المظفري قوله:
أبيح الحمى لا السيف سيف ولا الفم * غداة قضى فيه الامام المعظم ولن ترفع الرأس الرجال كرامة * إذا لم يرق من تحت أقدامها الدم نعاه لنا الناعي فقلنا صواعق * قصفن ربوع العلم قال وأعظم وأقطاب فضل أرشد الله أمرهم * بهم يرتجى ان يخلف النجم أنجم بني العلم للعليا فلا تتسمروا * إذا كان عز في البلاد فأنتم قفوا وقفة الغلب الأباة عن الهدى * فان مجاريه إليكم ومنكم وسلوتنا نجل الحسين وشبله * علي إذا عد الكرام فمنهم وصنوان أصل الفخر أعرق فيهما * فطابا وفي شتى الفضائل توأم لئن حل منا الدهر عقدا فان في * أبي حسن عقد الإمامة يبرم إذا الناس أمسى أمرها متشابها * فأنت بهم يا آية الله محكم ومن قصيدة الشيخ عبد الحسين الحلي قوله:
أعرني لسانا أو فدعني وما بيا * فقد أخرس الخطب الممض لسانيا مضى لا مضى من كان في الله فانيا * فخلد ذكرا في البرية باقيا ستنسى الكرى بعد الحسين محاجري * وتألف فيض الدمع ينصب قانيا تقام له الذكرى وفي كل ساعة * تذكرنا الأيام منه المساعيا يناجي الدجى مستسرا وانما * بغرته الأضواء تجاو الدياجيا إذا ما انثنى يتلو بديع بيانه * تلقت به الاسماع سبعا مثانيا تذكرني ليلا بغر خصاله * زواهره اللاتي تزين اللياليا اعددها لو كنت أسطيع عدها * ومن ذا الذي بالعد يحصي الدراريا لقد عاش في الدنيا كما عاش أهلها * سوى انه من عارها كان عاريا ومن بعدك الأعواد يقرع متنها * فينظم منثور المعاني لآليا لك القلم العالي على الخمس سابحا * تشيعه العشر العقول جواريا تقاصر عنه السمهري وطالما * بابرامه فل الجراز اليمانيا محاسن أطريها فيحسب جاحد * باقي له فيها أعد المساويا وهيهات أحصيها بشعري وان أكن * تخذت له الزهر الدراري قوافيا رضى بالقضا الجاري ومن لم يكن به * ليرضى اختيارا كان بالكره راضيا ومن قصيدة السيد محمود الحبوبي قوله:
سكت اللسان فيا دموع تكلمي * فلقد أحال إليك منطقه فمي قد لا يطيق مفوه شرح الأسى * وتطيق ذلك دمعة المتألم فعن الدموع خذوا أحاديث الأسى * مشروحة لا من فم المتكلم فمن القصائد أدمع منظومة * ومن الدموع قصائد لم تنظم