سنة 1081 توفي العالم الفاضل ملا صالح مازندراني شارح أصول الكافي وغيره. وهو صهر المجلسي الأول وجد الوحيد البهبهاني من طرف الام.
سنة 1084 وقعت زلزلة شديدة في خراسان حتى خربت القبة المباركة الرضوية ومنارتا مسجد الجامع. فعمرها الشاه سليمان.
سنة 1085 توفي الشيخ المحدث الطريحي، صاحب مجمع البحرين وغيره.
سنة 1088 - 1091 توفي العالم الشيخ جعفر البحراني. وفيه توفي العلامة الشهيد أمير زين العابدين من عمار بيت الله الحرام في سنة 1039، وذكرته في " أركان دين " عند بناء الكعبة المعظمة.
سنة 1089 توفي المحدث الجليل ملا خليل القزويني شارح الكافي وغيره.
سنة 1090 توفي ملا محمد باقر المعروف بالمحقق السبزواري، صاحب الكفاية والذخيرة ومفاتيح النجاة. وهو زوج أخت المحقق الخونساري.
سنة 1091 توفي الفيض الكاشاني صاحب الوافي والتفسير وغيرهما.
سنة 1096 توفي العالم الفاضل محمد بن الحسن المعروف بآقا رضي القزويني المحدث الأخباري.
سنة 1098 في غرة رجب توفي المولى الأجل الحسين بن جمال الدين محمد بن الحسين المحقق الخونساري - المعروف بآقا حسين - وله 82 عاما.
وفي 29 رمضان منه توفي المحقق العلامة ميرزا محمد بن الحسن الشيرواني صهر المجلسي الأول، أستاذ صاحب الرياض، وله كتب.
وفي هذه السنة وقع كسر أصنام الهنود في دولتخانه على يدي العلامة المجلسي الثاني.
سنة 1099 في أوائل جمادي الثاني عزم على زيارة علي بن موسى الرضا (عليه السلام) السلطان سليمان ابن شاه عباس الكبير الصفوي.
سنة 1100 في 27 شوال توفي العالم الفاضل ميرزا علاء الدين گلستانه اسمه ميرزا محمد بن أبي تراب الحسيني، أخو زوجة المجلسي شارح نهج البلاغة