مناقضة ومنافرة تواطأ مع جماعة من علماء ذلك العصر المبغضين للشيخ علي كالمولى حسين الأردبيلي الإلاهي والقاضي مسافر وغيرهم على أن يتكلم نعمة الله مع الشيخ علي في أمر صلاة الجمعة في زمن الغيبة بمحضر الشاة طهماسب فيعينوه على إلزام الشيخ وإفحامه بأسوأ وجه يكون واتفق معهم أيضا جماعة من الامراء المعاندين للشيخ على اتمام هذا المهم الا ان حكمة الله تعالى وحرمة شريعته المطهرة اقتضتا خلاف ما أرادوا به فلم يتيسر لهم ذلك المقصود وفي ذلك الوقت كتب بعض المفسدين عريضة بخط مجهول مشتملة على أنواع الفرية والبهتان في حق الشيخ علي بالنسبة إلى السلطان ونسب فيها إلى الشيخ ارتكاب أنواع الفواحش و الفسوق زورا وبهتانا وجرأة على الله تعالى وحسدا للشيخ ورماها إلى دار الملك من فوق الجدران وكانت دار الملك يومئذ بصاحب آباد بلدة بتبريز بجنب الزاوية النصيرية فوصلت تلك العريضة إلى الشاة فما اثرت الا زيادة الحب والتعظيم للشيخ عنده واجتهد في معرفة كاتب العريضة إلى أن بلغه انها كتبت باطلاع الأمير نعمة الله المذكور فأسقطه من عين نظره ثم أمر بنفيه إلى بغداد ومات بها بعد وفاة الشيخ علي بعشرة أيام اه. وبعضهم يقول إن تقارب زمن المتخاصمين أمر يشهد به التتبع كما وقع لجرير والفرزدق وغيرهما والله أعلم وعن رياض العلماء انه جرت منازعة بين المترجم وبين الأمير غياث الدين منصور ابن الأمير صدر الدين محمد الدشتكي الشيرازي المتكلم الحكيم المشهور كان منشاها الاختلاف الواقع بينهما في مسائل عمدتها مسالة القبلة التي غيرها المترجم في كثير من البلاد اه وفي روضات الجنات ان المسموع عن المترجم انه كان له وثوق بديانة مولانا شمس الدين محمد بن أحمد الفارسي المتكلم الحكيم المشتهر بالفاضل الخفري صاحب الحواشي المشهورة على شرح التجريد وغيرها بحيث انه أجلسه في مجلسه في بعض أسفاره وأذن للناس إليه في الرجوع إلى أمور دينهم ودنياهم فلما رجع وجد أعماله موافقة للصواب فازداد به وثوقا والعهدة على الراوي اه.
مشائخه يروي عن جماعة كثيرة كعلي بن هلال الجزائري عن أحمد بن فهد الحلي والشيخ شمس الدين محمد بن خاتون العاملي كما يظهر من أواخر وسائل الشيعة وكان الشيخ شمس الدين محمد بن خاتون أستاذه في الدرس أيضا ويروي عن الشيخ شمس الدين محمد بن داود بن المؤذن الجزيني ابن عم الشهيد الأول عن الشيخ ضياء الدين علي ابن الشهيد الأول عن أبيه وقد قرأ على جماعة من علماء أهل السنة وروى عنهم كما صرح به في اجازته وقال صاحب رياض العلماء انه اتفق مع الصدر الكبير الأمير جمال الدين محمد الاستربادي الذي كان صدرا عند الشاة إسماعيل وولده الشاة طهماسب وكان من العلماء على أن يقرأ الشيخ علي عند الصدر المذكور شرح التجريد الجديد ويقرأ الصدر على الشيخ علي قواعد العلامة فقرأ الشيخ عليه درسين من شرح التجريد ولم يقرأ الصدر على الشيخ ثم تمارض الصدر اه وفي ذلك من الدلالة على علو همته وتواضعه للعلم وأهله ولو كانوا من الامراء.
تلاميذه يروي عنه جماعة كثيرة جدا من فضلاء عصره منهم الشيخ علي بن عبد العالي والشيخ زين الدين الفقعاني والشيخ أحمد بن محمد بن أبي جامع الشهير بابن أبي جامع والشيخ نعمة الله بن الشيخ جمال الدين أبي العباس أحمد بن الشيخ شمس الدين محمد بن خاتون العاملي ووالده الشيخ أحمد بن خاتون والشيخ برهان الدين أبو إسحاق إبراهيم ابن الشيخ زين الدين علي ابن يوسف الخوانساري الأصفهاني والشيخ عبد النبي الجزائري صاحب الرجال والشيخ علي المنشار زين الدين العاملي والشيخ كمال الدين درويش محمد بن الشيخ حسن العاملي النظري جد والد التقي المجلسي من قبل امه كما صرح به في أربعينه وغيره والسيد الأمير محمد بن أبي طالب الاسترآبادي الحسيني الموسوي والسيد شرف الدين علي الحسيني الاسترآبادي النجفي والشيخ أبو القاسم نور الدين علي بن عبد الصمد عم الشيخ البهائي قرأ عليه الرسالة الجعفرية وله منه اجازة وعن رياض العلماء عن تاريخ حسن بين روملو الفارسي ان الأمير نعمة الله الحلي كان من تلامذته ثم رجع عنه واتصل بالشيخ إبراهيم القطيفي الذي كان بينه وبين المترجم مناقضة ومنافرة حتى صار من أعداء أستاذه وعن رياض العلماء أيضا أظن أن من تلامذته السيد جمال الدين عن عبد الله بن محمد بن الحسن الحسيني الجرجاني.
مؤلفاته له تعليقات حسنة وتصانيف جيدة منها جامع المقاصد في شرح القواعد خرج منه ست مجلدات إلى بحث تفويض البضع من كتاب النكاح وهو شرح لم يعمل قبله أحد مثله في حل مشكله مع تحقيقات حسنة وتدقيقات لطيفة خال من التطويل والاكثار وشارح لجميع ألفاظه المجمع عليه والمختلف فيه وقد اشتهر هذا الشرح اشتهارا كثيرا واعتمد عليه الفقهاء في أبحاثهم ومؤلفاتهم مطبوع مع القواعد وحواشي الارشاد وشرح الارشاد وشرح اللمعة وشكك بعضهم في وجود هذين الشرحين وحواشي الشرائع وحواشي المختصر النافع وحواشي المختلف والرسالة الجعفرية وهذه الرسالة لاقت حظا عظيما وشرحت عدة شروح من أعظم العلماء ورسالة صيغ العقود والايقاعات واسرار اللاهوت أو نفحات اللاهوت في الجبت والطاغوت ورسالة الجمعة وهي داخلة في جامع المقاصد ذهب فيها إلى الوجوب التخييري أو العيني مع وجود المجتهد والسبحة والخيارية والمؤاتية وكأنها هي المعبر عنها برسالة أقسام الأرضين وشرح الألفية للشهيد مطبوع وحواش على الألفية ورسالة السجود على التربة الحسينية بعد ان تشوى بالنار يرد فيها على الشيخ إبراهيم القطيفي معاصره في منعه من ذلك فرع من تاليفها في النجف الأشرف حادي عشر ربيع الأول سنة 933 ورسالة الجنائز ورسالة احكام السلام والتحية والمنصورية ورسالة في تعريف الطهارة والرسالة المحرمية نسبها إليه الشيخ حسن صاحب المعالم في عمدة المقال والرسالة النجمية في الكلام ورسالة في العدالة ورسالة في الغيبة وحاشية على تحرير العلامة ينقل عنها الشيخ حسن في فقه المعالم ورسالة في الحج وحواش على الدروس وحواش على الذكرى و الرسالة الكرية ورسالة الجبيرة ورسالة في التعقيبات ورسالة في المنع عن تقليد الميت بل البقاء عليه ادعى فيها اجماع الطائفة على ذلك وله فتاوى وأجوبة مسائل كثيرة ذكرنا منها 11 مسالة في الجزء الأول من معادن الجواهر.
وله رسالة في الرضاع مطبوعة قال في أولها: اشتهر على ألسنة الطلبة في هذا العصر تحريم المرأة على بعلها بارضاع بعض من سنذكره ولا نعرف لهم من ذلك أصلا يرجعون إليه من كتاب أو سنة أو اجماع أو قول لاحد