اعتراضات الهندي على العلامة.
من أهم نسخه:
نسخة في مكتبة مجلس الشورى الإسلامي، ضمن المجموعة رقم 6342.
كتبها السيد حيدر بن علي بن حيدر الآملي المتصوف تلميذ فخر المحققين وقرأها عليه فكتب له الإنهاء بخطه في 12 من شهر رمضان سنة 759، ذكرت في فهرسها 14 / 224 و 225.
نسخة في المكتبة الباقرية في مشهد، رقم 921.
نسخة في مكتبة كلية الإلهيات في مشهد، ضمن المجموعة رقم 936، ذكرت في فهرسها 2 / 86 (1).
(10) الأسرار الخفية في العلوم العقلية.
من الحكمية والكلامية والمنطقية، ذكره المصنف في الخلاصة، وذكره في الإجازة وقال: إنه مجلد، ألفه باسمه هارون بن شمس الدين الجويني الذي توفي سنة 685، وفي نسخة الخلاص التي اعتمد عليها الخوانساري: الأسرار الحقية في العلوم العقلية وقال الزركلي: الأسرار الخفية في المنطق والطبيعي والإلهي ثلاثة أجزاء.
من أهم نسخه:
نسخة في مكتبة آية الله الحكيم العامة في النجف، رقم 380، بخط المؤلف.
نسخة في مكتبة فيض الله أفندي في اسلامبول، رقم 2182، كتبت في سنة 744، وهي من أول الطبيعيات إلى نهاية الكتاب، ذكر ت في نوادر المخطوطات 1 / 180.
نسخة في مكتبة عثمان اوجاق في ديار بكر بتركيا، كتبت في سنة 744 ذكرت في نوادر المخطوطات 1 / 180.