4 - إجازته للشيخ رشيد الدين بن إبراهيم الأصفهاني. مختصرة، تاريخها تاسع جمادى الأولى سنة (971 ه‍)، كتبها له بالمشهد الرضوي.
5 - إجازته لولديه الشيخ بهاء الدين محمد، والشيخ أبي تراب عبد الصمد.
مختصرة، كتبها لهما بالمشهد الرضوي ثاني رجب سنة (971 ه‍).
6 - إجازته للسيد علاء الدين محمد بن هداية الله الحسيني الخيروي. تاريخها سنة (967 ه‍)، مختصرة، وهي بخط المجاز على ظهر كتاب النصوص.
7 - إجازته للمولى ملك علي. متوسطة، روى فيها عن السيد حسن بن جعفر والشهيد الثاني كليهما عن الشيخ علي الميسي، ولعل المجاز والد ملك حسين بن ملك علي التبريزي المجاز من الشيخ البهائي.
2 - الأربعون حديثا في الأخلاق كتبه باسم شاه طهماسب الصفوي، ذكر أولا فضل رواية الأربعين، وأنه مما بلغ عليه الثواب، فجمع هذا في الأخلاق الممدوحة والمذمومة والأفعال الحسنة والقبيحة.
وطبع بتحقيق علي أوسط ناطقي في مجموعة ميراث حديث شيعه المجلد الثاني (ص 135 - 184) في قم سنة 1420 ه‍.
3 - إصلاح جامع البين من فوائد الشرحين بعد أن ألف العلامة الحلي كتاب تهذيب طريق الوصول إلى علم الأصول، قام بشرحه كل من الأخوين الأعرجيين: السيد عميد الدين والسيد ضياء الدين، ابني أخت العلامة الحلي، وقد جمع الشهيد الأول الشرحين في كتاب وزاد عليهما، وسماه: جامع البين من فوائد الشرحين.
وعن كتاب كشف الحجب: أن الشهيد ألف هذا الكتاب في أوائل شبابه، ولم يراجع المسودة؛ لذلك بقيت النسخة غير منقحة، فوجدها المترجم له وأصلحها سنة (941 ه‍) جامعا فيها كلا الشرحين وزيادة الشهيد.