الفصل الثالث الجانب العلمي والميزات الخاصة يعتبر الجانب العلمي في الإمام الحكيم من أهم الأبعاد في شخصيته فبالإضافة إلى السيرة الذاتية الذي تمثل القاعدة والأساس للبناء الفوقي في الشخصية تتمثل الأبعاد البارزة في شخصية الإمام الحكيم بالبعد العلمي، والبعد المرجعي، والبعد الجهادي السياسي، حيث إن الأعمال العلمية للإمام الحكيم قد أخذت حيزا واسعا من حياته، ووقته، وشخصيته، فقد أحصى بعض المؤلفين في شخصية الإمام الحكيم مؤلفاته فبلغت - مؤلفا، تتناول موضوعات مختلفة من العلوم الاسلامية، الأمر الذي يدلل على هذه الحقيقة خصوصا إذا عرفنا أنه كتب بعض مؤلفاته مرتين كما هو في شأن بعض أجزاء (المستمسك) ولكن أهم مؤلفاته المطبوعة يمكن أن نحصرها في المؤلفات التالية:
1 - مستمسك العروة الوثقى، وهو شرح استدلالي للقسم الأول من العروة الوثقى للسيد الطباطبائي اليزدي في أربعة عشر جزء.
2 - حقائق الأصول، وهو شرح استدلالي لكفاية الأصول للمحقق الخراساني في مجلدين.
3 - نهج الفقاهة، وهو شرح استدلالي لكتاب البيع للشيخ الأنصاري في مجلد واحد.
4 - منهاج الصالحين، وهو رسالة عملية مفصلة، تتناول الفتاوى الفقهية في مجلدين، وقد أصبح موضع اهتمام خاص من قبل المراجع الدينيين