على الإمام الحكيم في عام (1389 ه‍ المصادف 1969 م) أثناء زيارته لبغداد، حيث داهموا بيته بعد منتصف الليل بادعاء التفتيش، ومحاولة القاء القبض على ولده الحجة الشهيد السيد مهدي الحكيم، وفتشوا البيت حتى غرفة الإمام الحكيم قدس سره، ومنذ ذلك الحين لم ير الإمام الحكيم ولده، ولم يسمع بخبره، ومضت عدة شهور على هذه الحالة والإمام الحكيم محتجب بداره في الكوفة احتجاجا على هذا العدوان، وغيره من الأعمال الاجرامية بحق الاسلام، والحوزة العلمية والمؤمنين بشكل عام.
وكنا نظن في البداية، بأن الإمام الحكيم على علم بخبر ولده، حيث كان قد حفظه الله وأنجاه من أيديهم بأعجوبة وعناية ربانية خاصة، حتى تهيأت للشهيد السيد مهدي فرصة الخروج من العراق، فأخبر الإمام الحكيم بذلك، طلبا للدعاء له بالنجاة، وعندئذ تبين لنا أن الإمام الحكيم لم يكن يعلم عن مصير ولده الحبيب شيئا، ومع ذلك كان قد احتسب الأمر عند الله تعالى، وسكت على البلاء احتسابا.
4 - لقد ابتلي الإمام الحكيم في أواخر أيامه بمرض عجز الكلية عن أداء دورها في تصفية الدم، الأمر الذي أدى إلى ارتفاع نسبة (اليوريو) في الدم، وهو يؤدي عادة إلى فقدان المريض للتشخيص الدقيق - كما يذكر الأطباء - وقد حدثني الدكتور أحمد ثامر، الذي كان رئيس صحة محافظة كربلاء لفترة طويلة، وكان صديقا للعائلة، ويتردد على الإمام الحكيم عند زيارته لكربلاء: أنه عندما سمع بمرض الإمام الحكيم لم يحس بضرورة زيارته، لأنه كان يعرف آثار المرض، وبالتالي فسوف لا يتمكن الإمام الحكيم من تشخيصه عند زيارته، ولكنه عندما سمع بأن الإمام الحكيم سوف يسافر إلى لندن، وكان يظن بأن هذا السفر سوف يكون نهاية عمره الشريف، عزم على زيارته مودعا له، يقول:
وعندما دخلت عليه قدس سره، بادرني بالعتاب على عدم الزيارة إلى ذلك الوقت، وأخذ يتحدث إلي بكل وعي وادراك، فأصبت بالدهشة من ذلك، وعرفت أن هناك سرا في شخصيته، يتجاوز فيه هذه الأعراض الطبيعية للمرض.