وللمحقق النائيني (قدس سره) كلام حول سببية العقد للأثر لا يخلو عن ارتباك كما سيتضح، فإنه جرى أولا مجرى المشهور من دعوى كون العقد سببا والأثر مسببا. ثم ادعى ان التحقيق خلاف ذلك، وان نسبة العقد إلى المعاملة والأثر نسبة الآلة إلى ذي الآلة لا نسبة السبب التوليدي إلى المسبب، ولذلك فهما موجودان بوجود واحد، وليس هناك موجودان خارجيان هما السببية والمسببية. وعليه بن كون إمضاء - المعاملة - المسببات على الرأي المشهور امضاء للأسباب - للعقد -.
ثم ذكر بعد ذلك أن الفرق بين العقد والمعاملة كالفرق بين المصدر واسم المصدر، وان العقد بمنزلة المصدر والمعاملة بمنزلة اسم المصدر.
والذي يظهر منه هو اطلاق السبب على نفس العقد. غاية الامر ان الاختلاف في كونه سببا أو آلة.
وقد قرب (قدس سره) كون نسبة العقد إلى المعاملة نسبة الآلة إلى ذيها لا السبب إلى المسبب، بان المسبب التوليدي ما كان يترتب على سببه بمجرد وجوده بلا توسط أي إرادة له، بل ترتبه قهري، ولذلك لم يكن بنفسه متعلقا للإرادة بل الإرادة تتعلق به بتبع تعلقها بالسبب، وذلك نظير الاحراق بالنسبة إلى الالقاء، فإنه يترتب قهرا على الالقاء أريد أم لم يرد، بخلاف ذي الآلة فإنه اختياري بنفسه وبالمباشرة فلا يترتب على تحقق الآلة قهرا، بل تتعلق به الإرادة بنفسه، نظير الكتابة بالنسبة إلى القلم والقطع بالنسبة إلى السكين، فان آلة الكتابة القلم وآلة القطع السكين وهما - أعني الكتابة والقطع - من الأمور الاختيارية بنفسها والتي تتعلق بها الإرادة مباشرة، فلا تترتب على وجود القلم والسكين قهرا - كما لا يخفى -. ومن ذلك العقود والايقاعات، فان البيع والأثر من الأمور الاختيارية، التي يتعلق بها الاختيار بنفسها ولا تتحقق بمجرد تحقق العقد ما لم تتعلق به الإرادة كما لا يخفى. فلا تكون النسبة بينهما نسبة السبب