المصطفى وأسباب النزول والفائق والترغيب والترهيب. ومن رجاله من الصحابة جابر الأنصاري وأبو الطفيل عامر بن واثلة وسعيد بن المسيب وغيرهم ومن التابعين سعيد بن جبير وأبو خالد الكابلي وسلمة بن دينار وغيرهم كثيرون ومن أصحابه يحيى بن أم الطويل وأبو حمزة الثمالي وعلي بن رافع والسدي والضحاك وطاوس وأبان بن تغلب وسدير الصيرفي وقيس بن رمانة وغيرهم.
وكان موئلا في حل المشكلات وكشف الكربات، عاقب الزهري وهو عامل لبني أمية رجلا فمات في العقوبة فخرج هاربا وتوحش فقال له علي بن الحسين إني أخاف عليك من قنوطك ما لا أخاف عليك من ذنبك ابعث بدية إلى أهله واخرج إلى أهلك ومعالم دينك فقال فرجت عني يا سيدي والله أعلم حيث يجعل رسالته. ومن مؤلفاته رسالة الحقوق جمعت آداب الدين والدنيا. والصحيفة السجادية الباهرة ببلاغتها وسمو مضامينها ومر ذكر القرآن المنسوب إلى خطه الذي رأيناه في المكتبة الرضوية، وقال له الزهري تذاكرنا الصوم فاجمع رأينا على أنه ليس من الصوم بشئ واجب إلا شهر رمضان فقال له ليس كما قلتم الصوم على أربعين وجها عشرة منها واجبة وعد منها ثمانية. النذر. الاعتكاف. شهر رمضان. صيام شهرين متتابعين في قتل الخطا. ثلاثة أيام في كفارة اليمين. حلق الرأس في الاحرام. دم المتعة. جزاء الصيد. رواه أبو نعيم في الحلية. وتوفي زين العابدين سنة 95 من الهجرة في دولة الوليد بن عبد الملك وعمره 55.
وجاء بعده ولده محمد الملقب بالباقر لقب بذلك لأنه بقر العلم وعرف أصله واستنبط فرعه وتوسع فيه وقال ابن حجر في الصواعق أظهر من مخبات كنوز المعارف وحقائق الاحكام والحكم واللطائف ما لا يخفى إلا على منطمس البصيرة أو فاسد الطوية والسريرة ومن ثم قيل فيه هو باقر العلم وجامعه وشاهر علمه ورافعه. وعاصر من ملوك بني أمية خمسة أو ثمانية الوليد وسليمان ويزيد وهشام أولاد عبد الملك بينهم عمر بن عبد العزيز وأخذ عنه عظماء المسلمين من الصحابة والتابعين والفقهاء والمصنفين والعلماء من جميع نحل الاسلام واقتدوا به واتبعوا أقواله واستفادوا من فقهه وحججه البينات في التوحيد والفقه والكلام وغيرها. وفي مناقب ابن شهرآشوب : يقال لم يظهر على أحد من ولد الحسن والحسين من العلوم ما ظهر منه من التفسير والكلام والفتيا والأحكام والحلال والحرام. وفي إرشاد المفيد: لم يظهر عن أحد من ولد الحسن والحسين من علم الدين والآثار والسنة وعلم القرآن والسيرة وفنون الآداب ما ظهر عنه وروى عنه معالم الدين بقايا الصحابة ووجوه التابعين ورؤساء فقهاء المسلمين وصار بالفضل علما لأهله تضرب به الأمثال وتسير بوصفه الآثار والأشعار ثم ذكر شعر القرطي وشعر مالك بن أعين فيه الآتي في سيرته، قال ابن شهرآشوب: فمن الصحابة نحو جابر الأنصاري ومن التابعين نحو جابر الجعفي وكيسان السختياني صاحب الصوفية. ومن الفقهاء نحو ابن المبارك والزهري والأوزاعي وأبي حنيفة ومالك والشافعي وزياد بن المنذر النهدي. ومن المصنفين نحو الطبري والبلاذري والسلامي والخطيب في تواريخهم وفي الموطأ وشرف المصطفى والإبانة وحلية الأولياء وسنن أبي داود والألكاني ومسندي أبي حنيفة والمروزي وترغيب الأصفهاني وبسيط الواحدي وتفسير النقاش والزمخشري ومعرفة أصول الحديث ورسالة السمعاني. وفي حلية الأولياء: روى عنه من التابعين عمرو بن دينار وعطاء بن أبي رباح وجابر الجعفي وأبان بن تغلب. وروى عنه في الأئمة والاعلام ليث بن أبي سليم وابن جريح وحجاج بن أرطاة في آخرين. وقال المفيد في الإختصاص:
أصحاب محمد بن علي ع جابر بن يزيد الجعفي حمران وزرارة أبنا أعين. عامر بن عبد الله بن جذاعة. حجر بن زائدة. عبد الله بن شريك العامري. فضيل بن يسار. سلام بن المستنير. بريد بن معاوية العجلي. الحكيم بن أبي نعيم اه ومن أصحابه الذين اجتمعت العصابة على أنهم أفقه الأولين: زرارة بن أعين له مصنفات أخذ عن الباقر وابنه الصادق وابنه الكاظم. ومعروف بن خربوذ أخذ عن الباقر وأبيه زين العابدين وأبو بصير عبد الله بن محمد الأسدي. والفضيل بن يسار النهدي اخذ عنه وعن ابنه الصادق. ومحمد بن مسلم الطائفي مؤلف أخذ عنه وعن ابنه الصادق وكان الصادق يرجع الناس إليه في المسائل. وبريد بن معاوية العجلي من المؤلفين أخذ عنه وعن ابنه الصادق. ومن أصحابه حمران بن أعين تابعي وإخوته بكير وعبد الملك وعبد الرحمن. أخذ الأربعة عنه وعن ابنه الصادق.
وكانت مدرسته بالمدينة في داره وفي المسجد يأتيه فقهاء الحجاز وعلماؤه فيأخذون عنه ويدونون ما أخذوه ويأتيه الناس من جميع الآفاق من العراق ومن قم وغيرهما في موسم الحج فيقيمون مدة في المدينة ويأخذون عنه ويسألونه عما أشكل عليهم وإذا عادوا إلى بلادهم حدثوا عنه بما سمعوه منه ودونوه وكانوا في بحر السنة يحفظون ما أشكل عليهم فإذا وردوا المدينة سالوه عما حفظوه من المسائل ومن لم يحج أوصى من يحج أن يسال له عما أشكل عليه.
وكان علماء الصحابة يستفتونه ويرجعون إليه. أخرج أبو نعيم في الحيلة ان رجلا سال ابن عمر عن مسالة فلم يدر ما يجيبه فقال اذهب إلى ذلك الغلام وأشار إلى الباقر فسله وأعلمني بما يجيبك فسأله وأجابه فأخبر ابن عمر فقال إنهم أهل بيت مفهمون.
وأخرج أبو نعيم في الحلية أيضا عن مالك بن عطاء المكي: ما رأيت العلماء عند أحد قط أصغر منهم عند أبي جعفر محمد بن علي بن الحسين ولقد رأيت الحكم بن عتيبة مع جلالته في القوم وكان عالما نبيلا جليلا في زمانه بين يديه كأنه صبي بين يدي معلمه. وفي رواية كأنه عصفور مغلوب وقد قال عنه أبو زرعة الرازي من أعاظم علماء السنة: لعمري إن أبا جعفر لمن أكبر العلماء وإنهم أهل الذكر. وقال محمد بن مسلم الثقفي الطائفي سألته عن ثلاثين ألف حديث حكاه ابن شهرآشوب في المناقب. وقال جابر الجعفي حدثني أبو جعفر سبعين ألف حديث رواه المفيد في الإختصاص بسنده عن جابر وقد رجع إلى قوله ابن أبي ليلى القاضي لما اختصم إليه في الجارية التي ليس على ركبها شعر بان ذلك عيب لأن العيب كلما زاد في الخلقة أو نقص وهو الذي أشار على عبد الملك بن مروان بضرب الدراهم والدنانير في الاسلام لما أحرجه ملك الروم في خبر رواه البيهقي في المحاسن والمساوي ويأتي مفصلا في سيرته وحاصله ان القراطيس كانت للروم وكانت تعمل بمصر وتطرز بالرومية أبا وابنا وروحا قديسا فلما كان زمن عبد الملك رأى الطراز فأنكره فامر ان تطرز بسورة التوحيد والشهادة بالوحدانية فبلغ ذلك ملك الروم فغضب وبعث إلى عبد الملك لتأمرن برد الطراز إلى ما كان أو لآمرن بنقش الدراهم والدنانير بشتم نبيك وكانت لا تنقش إلا ببلاد الروم فعظم ذلك على عبد الملك واستشار