إقامة السيد البروجردي في قم المقدسة قام السيد بإلقاء الدروس ورعاية الحوزة، إلى أن هز نبأ وفاة زعيم الشيعة آية الله العظمى السيد أبو الحسن الأصفهاني البلاد الإسلامية في اليوم الثامن من ذي الحجة الحرام من عام 1365 ه‍ (رضوان الله عليه)، ومنذ ذلك الحين استقطب سيدنا البروجردي أنظار الشيعة في كل أرجاء المعمورة، وتجسدت فيه الزعامة الدينية للشيعة الإمامية.
وكان - قدس الله سره - ذا ولع شديد بإلقاء الدروس والمحاضرات وتربية الفقهاء على الرغم من قيامه بأعباء الزعامة.
وتعبر محاضراته الفقهية عن أبكار أفكاره، فتناول إلى غير واحد من أبواب الفقه، كالإجارة، والوصية، والصلاة، والخمس، والطهارة، وغير ذلك.
وأما اصول الفقه فقد جعل محور دراستها كتاب " كفاية الاصول " لاستاذه المحقق الخراساني، فألقى محاضرات في معظم مباحث الألفاظ، ثم في المباحث العقلية، فأكمل البحث في القطع والظن والبراءة وشئ من مباحث الاشتغال، حتى عاقته امور الزعامة عن مواصلتها.
كان السيد البروجردي آية في جل العلوم الإسلامية فما منعه سبر الغور في الفقه واصوله، عن دراسة المعقول والكلام والتاريخ والرجال؛ مما أدى إلى انكباب الفضلاء وعلماء الحوزة على محاضراته؛ مع أنهم كانوا في الرعيل الأول من الأساتذة.
وممن كان يحضر محاضرات سيدنا البروجردي، الزعيم الأكبر والإمام الأعظم سيدنا آية الله العظمى السيد روح الله الموسوي الخميني (قدس الله سره