إبراهيم، بن علي، [بن الحسين أبي شجاع الزاهد] (1) بن محمد أبي جعفر، بن علي (2)، بن الحسين، بن جعفر أبي عبد الله، بن أحمد نصير الدين السكين النقيب، بن جعفر أبي عبد الله الشاعر، بن محمد أبي جعفر بن محمد، بن زيد الشهيد، بن الإمام السجاد زين العابدين علي بن الحسين السبط، بن أمير المؤمنين علي بن أبي طالب عليهم السلام (3).
ولادته ونشأته:
ولد رحمه الله ليلة السبت الخامس عشر من جمادى الأولى سنة 1052 ه في المدينة المنورة (4)، ولذا لقب بالمدني، ونشأ وترعرع فترة طفولته وصباه فيها وبجوار مكة المكرمة، وقد سافر أبوه الفاضل الأديب السيد نظام الدين أحمد إلى حيدرآباد في الهند بطلب من السلطان عبد الله قطب شاه حيث زوجه ابنته، وبقي السيد ابن معصوم في أحضان والدته، وهي كما في المحكي عن سلافة العصر (5) ابنة الشيخ محمد بن أحمد المنوفي، إمام الشافعية بالحجاز المتوفى سنة 1044 ه، وقال صاحب رياض العلماء (6) نقلا عن المترجم له بخط بعض الأفاضل من سلسلة السيد المدني في طي بعض المواضع حيث قال: «وأما نسبي من جهة الأم فأكون ابن القانتة بنت غياث الحكماء بن صدر الحكماء».