1 - مسألة التحكيم:
إن أول خلاف ظهر بين المسلمين، وصيرهم فرقتين، هو مسألة التحكيم في وقعة صفين، والمسألة يوم ذاك وإن اصطبغت بصبغة سياسية لكن كان لها أساس ديني، وهو أن الخوارج خالفوا عليا عليه السلام وانعزلوا عن جنده بحجة أن حكم الله في الباغي، هو مواصلة الحرب والجهاد حتى يفئ إلى حكم الله لا التصالح وإيقاف الحرب، وحجتهم وإن كانت مردودة لأجل أن التحكيم إنما فرض على الإمام، لا أنه قبله عن اختيار وحرية، والخوارج هم الذين فرضوه عليه، ولم يكتفوا بذلك حتى فرضوا عليه صيغة التحكيم ووثيقته، وحتى المحكم الذي يشارك فيه مع مندوب معاوية، إلا أن هذا الاعوجاج الفكري صار سببا لتشكل فرقتين متخاصمتين إلى عهود وقرون.
وبذلك يفترق اختلافهم مع اختلاف أمثال طلحة والزبير ومعاوية إذ لم يكن اختلافهم حول المبادئ وإنما طمعوا أن يكونوا خلفاء و... ولذلك لم يثيروا إلا مشاكل سياسية دموية، بخلاف اختلاف الخوارج فإن اختلافهم كان حول المبادئ وكانوا يرددون كلمة " لا حكم إلا لله " وكان علي عليه السلام وحواريه ابن عباس يحتجان عليهم بالقرآن والسنة.
وبظهور الخوارج على الصعيد الإسلامي، ورفضهم التحكيم، طرحت مسائل أخرى بين المسلمين شكلت مسائل كلامية عبر القرون، وهي:
2 - حكم مرتكب الكبيرة:
إن الخوارج كانوا يحبون الشيخين ويبغضون الصهرين، بمعنى أنهم كانوا يوافقون عثمان في سني خلافته إلى ست سنين، ولما ظهر منه التطرف والجنوح