وقد قصد الشيخ بلاد العراق حوالي سنة 909 ه‍، فوصل إلى النجف الأشرف عاصمة علوم آل محمد صلى الله عليه وآله، وحاضرة الفقه الشيعي، ومعدن علماء المذهب.
وفي هذا البلد المبارك أخذ، الشيخ ينهل من ينابيع كبار العلماء، حتى صار نادرة زمانه، ووحيد أوانه، وطار صيته في الآفاق.
وبعد ظهور الدولة الصفوية في إيران، هاجر الكركي وبعض علماء الكرك إليها، لتولي أمور الدولة وتسيير عجلتها. وفوض الشاة الصفوي إليهم تنظيم شؤون الدولة حسبما يقتضيه الشرع الحنيف، وشغل علماء جبل عامل في الدولة الصفوية مناصب حساسة مهمة منها: الأمير، وشيخ الاسلام في أصفهان، ونائب الإمام، والمفتي، ومروج المذهب، وشيخ الاسلام في طهران.
وشغل الكركي منصب شيخ الاسلام في أصفهان زمن الشاه إسماعيل الصفوي وعند تولي الشاه طهماسب سنة 930 ه‍ تولى الكركي منصب نائب الإمام. وبدا بنشر الفكر الجعفري، حيث أسس المدارس العلمية، وعين في كل بلد إماما يعلم الناس أحكامهم الدينية، وأخذ هو على عاتقه تدريس كبار رجال الدولة.
يقول المحقق البحراني في لؤلؤة البحرين: كان " المحقق " من علماء دولة الشاه طهماسب الصفوي، جعل أمور المملكة بيده، وكتب رقما إلى جميع الممالك بامتثال ما يأمر به الشيخ المذكور، وأن أصل الملك إنما هو له، لأنه نائب الإمام عليه السلام، فكان الشيخ يكتب إلى جميع البلدان كتبا بدستور العمل في الخراج، وما ينبغي تدبيره في شؤون الرعية (1).
وقال السيد نعمة الله الجزائري في كتابه شرح غوالي اللئالي: مكنه السلطان