رسالة المسائل الاسطنبولية في الواجبات العينية مذكورة في الرياض 42 رسالة في الاخبار مشتملة على خمسة فصول في الرياض رأيتها ببلدة ساوة اه‍ ولعلها الكتاب الذي فيه نحو ألف حديث الآتي 43 رسالة في دعوى الاجماع في مسائل من الشيخ ومخالفة نفسه 44 رسالة في ذكر أحواله وهي التي نقل عنها ابن العودي 45 منية المريد في آداب المفيد والمستفيد مشتمل في آداب وفوائد جليلة وهو نعم المهذب لأخلاق الطلاب لمن عمل به طبع مرتين في الهند وإيران 46 بغية المريد مختصر منه وكان ابن العودي اخذ اسم كتابه في ترجمة الشهيد منه 47 نتائج الأفكار في حكم المقيمين في الاسفار 48 كفاية المحتاج في مناسك الحاج وهو المناسك الكبير في الحج والعمرة لطيفة 51 مسكن الفوائد عند فقد الأحبة والأولاد لم يسبق إلى مثله وسبب تصنيفه له كثرة ما توفي له من الأولاد بحيث لم يبق منهم أحد الا الشيخ حسن وكان لا يثق بحياته وقد استشهد وهو ابن أربع سنين أو سبع سنين كما مر في ترجمته مطبوع 52 مبرد الأكباد مختصر منه 53 كشف الريبة عن احكام الغيبة لم يسبق إليه مطبوع 54 البداية في علم الدراية 55 شرح البداية مزجي فرع منه ليلة الثلاثاء 5 ذي الحجة سنة 959 مطبوعان معا 56 البداية في سبيل الهداية وهو غير بداية الدراية المتقدم فقد ذكرا معا في أمل الآمل ويعطي اسمه انه في العقائد 57 جواهر الكلمات في شيع العقود والايقاعات في الرياض هو كتاب حسن رأيت منه نسخة في خزانة الحضرة الرضوية ويحتمل اتحاده مع ما سبق في كلام الشيخ المعاصر بعنوان كتاب العقود بل هو الظاهر لكن الحق عندي كونه من مؤلفات غيره وهو الشيخ حسن بن مفلح الصيمري المشهور اه‍ ورأى صاحب الذريعة نسخة صيغ العقود وليس فيها التسمية بجواهر الكلمات وقد وقع خلل في كلام صاحب الرياض فان عادته ان يعبر بالشيخ المعاصر عن صاحب أمل الآمل وليس في الأمل ذكر لكتاب العقود وانما ذكره صاحب الرياض نفسه 58 منار القاصدين في أسرار معالم الدين 59 غنية القاصدين في اصطلاحات المحدثين 60 كتاب الرجال والنسب 61 كتاب تحقيق الاسلام والايمان. وهو كتاب حقائق الايمان الذي رأينا منه نسخة مخطوطة في طهران صرح بذلك صاحب الذريعة 62 كتاب الإجازات قال ولده الشيخ حسن في أواخر اجازته الكبيرة المشهورة ان والدي جمع أكثر إجازات المشايخ في كتاب مفرد ذكره في فهرست كتب خزانته 63 منظومة في النحو وشرحها 64 جوابات مسائل الشيخ زين الدين ولا يعرف من هو هذا الشيخ زين الدين ولعله الفقعاتي شريكه في الدرس 65 جوابات مسائل الشيخ احمد والظاهر أن المراد به الشيخ احمد العاملي الشهير بالمازحي فان له مسائل سال عنها الشهيد الثاني واجابه عنها في الذريعة أكثرها فقهية تاريخ كتابة النسخة 980 66 جوابات المسائل الثلاث الخراسانية 67 جوابات المباحث النجفية 68 جوابات المسائل الهندية 69 جوابات المسائل الشامية ذكرت الأربعة في أمل الآمل 70 جوابات ستين مسالة في الذريعة محذوفة السؤال بعنوان مسالة اقتصر فيها على الجواب فقط وفي آخرها: اعلم أن الشيخ زين الدين الشهيد كتب هذه المسائل في جواب سؤالات وجدتها بخطه لكن تركت السؤالات لمعلوميتها وكتبت الأجوبة لاستقلالها والنسخة بخط شرف الدين علي بن جمال الدين المازندراني الذي كان حيا سنة 1070 اه‍ 71 مختصر الخلاصة ومر مختصر مسكن الفؤاد ومختصر المناسك ومختصر منية المريد 72 فؤاد خلاصة العلامة في الرجال ولعله حاشية الخلاصة المتقدم 73 إجازة الشيخ حسين بن عبد الصمد وهي إحدى الإجازات الثلاث المشهورات تاريخها ليلة الخميس 3 جمادى الآخرة سنة 941 74 كتاب فيه نحو ألف حديث انتخبها من كتاب المشيخة للحسن بن محبوب رآه صاحب أمل الآمل بخطه ويحتمل كونه المذكور في الرياض بعنوان رسالة في الاخبار مشتملة على خمسة فصول 75 الأربعون حديثا في الفضائل ينقل عنه المولى احمد الأردبيلي في حديقة الشيعة جملة من اخبار فضائل أمير المؤمنين ع 76 آداب الصلاة وهو غير أسرار الصلاة المتقدم 77 أسرار الزكاة والصوم والحج عن كشف الحجب انه استخرجه من جواهر القرآن للغزالي ويمكن كونه منار القاصدين في أسرار معالم الدين المتقدم 78 أنوار الهدى في مسالة البدا 79 الرسالة الاعتقادية في معرفة الله وما يتبعها من الأصول رآها صاحب الذريعة.
ما قاله ولده الشيخ حسن في كتاب المسالك في حاشية الرياض للمؤلف قال ولده الشيخ حسن في مدح كتاب المسالك لوالده:
لولا كتاب مسالك الأفهام * ما بان نهج الشرائع الاسلام كلا ولا كشف الحجاب مؤلف * عن مشكلات غوامض الاحكام قد زينته حقائق ودقائق * خضعت لهن نواصب الافهام وحوت صحائفه نفيس فرائد * قد نظمت بنهاية الاحكام تزهو بهن كمثل أحسن روضة * أزهارها خرجت من الأكمام ان اللسان لعاجز عن نعته * وكذاك تعجز السن الأقلام فجزى مؤلفه الرحيم بجوده * خير الجزا وحباه بالاكرام أشعاره لما زار النبي ص سنة 943 ووقف على قبره الشريف بالمدينة المنورة وكان قد رآه ص في منامه بمصر فوعده بالخير أنشأ يقول:
صلاة وتسليم على أشرف الورى * ومن فضله ينبو عن الحد والحصر ومن قد رقى السبع الطباق بنعله * وعوضه الله البراق عن المهر وخاطبه الله العلي بحبه * شفاها ولم يحصل لعبد ولا حر عدولي عن تعداد فضلك لائق * يكل لساني عنه في النظم والنثر وما ذا يقول الناس في مدح من أتت * مدائحه الغراء في محكم الذكر سعيت إليه عاجلا سعي عاجز * بعبئ ذنوب جمة أثقلت ظهري ولكن ريح الشوق حرك همتي * وروح الرجا مع ضعف نفسي ومع فقري ومن عادة العرب الكرام بوفدهم * اعادته بالخير والحبر والوفر وجادوا بلا وعد مضى لنزيلهم * فكيف وقد واعدتني الخير في مصر فحقق رجائي سيدي في زيارتي * بنيل منائي والشفاعة في حشري وقوله:
لقد جاء في القرآن آية حكمة * تدمر آيات الضلال ومن يجبر وتخبر ان الاختيار بأيدنا * فمن شاء فليؤمن ومن شاء فليكفر