رأس بعد أخيه الشيخ موسى وتصدر للتدريس والإفتاء مع كثرة مراعاة الاحتياط، مهيبا وقورا، كثير الصمت ذاكرا لله تعالى في أغلب أوقاته مواظبا على عبادته في نوافله وواجباته، آمرا بالمعروف ناهيا عن المنكر، لا تأخذه في الله لومة لائم. وكان أبوه يصحبه في أسفاره ويفديه بنفسه إذا عبر عنه، كما يدل على ذلك رسالته التي كتبها في إصفهان باستدعائه، وكان مصاحبا له في سفره ذلك.
قرأ على أبيه وتخرج به وتفقه عليه. وأقبل على الأخذ منه والتخرج به خلق في النجف وكربلاء، وكان يقيم في السنة ثلاثة أشهر أو أربعة في كربلاء في داره التي كانت فيها باستدعاء من طلبتها للحضور عليه، فيزدحم عليه طلبة العجم الذين يقرأون على شريف العلماء المازندراني; ومنهم السيد إبراهيم القزويني (صاحب الضوابط) وممن تخرج عليه من مشاهير الفقهاء والاصوليين الشيخ مشكور الحولاوي، والشيخ مرتضى الأنصاري، والآخوند زين العابدين الگلبايگاني، والشيخ جعفر التستري، والشيخ أحمد الدجيلي، والشيخ حسين نصار، والشيخ طالب البلاغي، والميرزا فتاح المراغي (صاحب العناوين) وأغلبها تقرير دروسه، وصهره السيد مهدي القزويني، وابن اخته الشيخ راضي ابن الشيخ محمد، والسيد علي الطباطبائي، والسيد حسين الترك، والحاج ملا علي ابن الميرزا خليل الطبيب، والشيخ مهدي ابن المترجم وغيرهم.
لم يعن كثيرا بالتأليف في الفقه، قيل له في ذلك، فقال: أباني جيده وأبيت رديئه. لم يصنف سوى شرحه على الروضتين، جملة من أبواب البيع إلى آخر الخيارات، وطبعت الخيارات منه فقط في طهران.
وفي عصره اشتهر صاحب الجواهر حتى صار يعد نظيرا له، ولكنه لم يفقه.
ويقال: إنه لما كان أمر التقليد مرددا بينهما اجتمع جماعة لتعيين الأفضل منهما، فرجحوه على صاحب الجواهر، فسأل صاحب الجواهر بعضهم قائلا: ما فعلت سقيفة بني ساعدة؟ فأجابه: قدموا عليا! فاستقل الشيخ محمد حسين بالتدريس من ذلك اليوم حتى انتهت إليه الرئاسة; وكأ نه إلى ذلك يشير الشيخ عبد الحسين آل محيي الدين في أبياته اللامية الهائية، وذكرت في ترجمة الشيخ محمد ابن الشيخ