على صعيدي التأليف والتدريس بالإضافة إلى الزعامة الدينية التي انفرد بها في هذه المدينة المقدسة، وتخرج على يده خلال هذه المدة عدد من كبار الفقهاء أمثال: أبي علي الحائري مؤلف " منتهى المقال "، والمحقق الميرزا القمي مؤلف " القوانين "، والشيخ حسين بن محمد بن حسين مؤلف " عيون الحقائق الناظرة في تتمة الحدائق الناضرة "، والسيد علي الطباطبائي الحائري مؤلف " الرياض "، والسيد مهدي بحر العلوم الفقيه الشهير مؤلف " الفوائد الرجالية " والمولى أحمد النراقي مؤلف " مستند الشيعة "، والسيد ميرزا الشهرستاني، والسيد ميرزا مهدي بن هداية الله الأصفهاني الخراساني الشهيد. وأكمل خلال هذه الفترة تأليف " الحدائق الناضرة " إلى كتاب الظهار وأئمة من بعد ابن أخيه الشيخ حسين.
ومن أهم ما كتبه خلال هذه الفترة " الدرة النجفية " ويبدو أنه كتبه في مدينة النجف خلال زياراته لها، و " سلاسل الحديد في تقييد ابن أبي الحديد "، و " الشهاب الثاقب في بيان معنى الناصب "، و " الكشكول "، و " لؤلؤة البحرين "، ومجموعة أخرى من الكتب في الفقه وأصول العقائد والحديث.
وكان اتجاه الشيخ يوسف بدء الأمر هو الاتجاه الأخباري المعروف الذي انتشر أكثر ما انتشر في البحرين، وكان الشيخ يوسف رحمه الله يحمل هذا الاتجاه، فلما أن استقر به المقام في كربلاء أخذ يؤلف ويدرس بنفس الاتجاه حتى نزل بكربلاء الشيخ محمد باقر الوحيد البهبهاني وكان نزول الوحيد البهبهاني بهذه المدينة إيذانا بمرحلة جديدة في الاتجاه الفقهي في مدرسة كربلاء. فقد بدأ الوحيد عمله الفقهي بالدعوة إلى الاتجاه الأصولي والاجتهاد ومواجهة المدرسة الأخبارية، ونجح الوحيد في رسالته العلمية وأبرز الاتجاه الأصولي واستقطب خيرة تلامذة الشيخ يوسف البحراني وجمعهم حوله، وانحسرت الحركة الأخبارية وانزوت ولم تستعد نشاطها بعد ذلك التاريخ.
وكانت مدرسة كربلاء في هذا العصر (القرن الحادي عشر والثاني عشر)