وثارت من أجل ذلك فتنة في صنعاء اليمن بين من هو مقلد، ومن مقتد بالدليل، توهما من المقلدين أنه ما أراد إلا هدم مذهب آل البيت.
قال بعض من ترجمه: وحاشاه من التعصب على من أوجب الله محبتهم، وجعل أجر نبينا صلى الله عليه وسلم في تبليغ الرسالة مودتهم، لأن له الولاء التام لهم. وقد نشر محاسنهم في مؤلفه در السحابة، بما لا يخالج بعده ريبة لمرتاب، على أن كلامه مع الجميع من أهل المذاهب سواء بسواء، لأن المأخذ واحد، والرد واحد والخطب يسير، والخلاف في المسائل العلمية الظنية سهل، وعقيدته عقيدة مذهب السلف من حمل صفات الباري تعالى، الواردة في القرآن الحكيم والسنة النبوية الصحيحة على ظاهره من غير تأويل ولا تحريف. وقد ألف رسالة في ذلك سماها [التحف بمذهب السلف].
ذكر مؤلفاته له مؤلفات مفيدة في فنون عديدة: منها، كتاب نيل الأوطار شرح منتقى الأخبار في الحديث الشريف (1) وأدب الطلب ومنتهى الأرب، وتحفة الذاكرين شرح عدة الحصن الحصين (2)، وإرشاد الثقات إلى اتفاق الشرائع على التوحيد والمعاد والنبوات: ردا على الخبيث موسى بن ميمون الأندلسي اليهودي في ظاهر المستند والزنديق في باطن المعتقد، والطود المنيف في الانتصاف للسعد من الشريف: في المسألة المشهورة التي تنازعا فيها بين يدي تيمور لنك، وشفاء العلل في حكم الزيادة في الثمن لمجرد الأجل، وشرح الصدور في تحريم رفع القبور، وطيب النشر في المسائل العشر: جواب عن سؤال القاضي العلامة عبد الرحمن بن أحمد البهكلي، ورسالة أجاب بها الشريف إبراهيم بن أحمد بن إسحاق، ومنها الصوارم الهندية المسلولة على الرياض الندية:
لإبطال قول من أوجب غسل الفرجين قبل الوضوء وجعله من أركانه كما هو مذهب الزيدية، ورسالة في اختلاف العلماء في تقدير مدة النفاس، ورسالة في الرد على القائل بوجوب التحية، والقول الصادق في حكم الإمام الفاسق، ورسالة في حد السفر الذي يجب معه قصر الصلاة، وله تشنيف السمع بابطال أدلة الجمع:
يعنى جمع الصلاتين في الحضر ردا على القائلين بجوازه من الزيدية، والرسالة المكملة في أدلة البسملة، واطلاع أرباب الكمال على ما في رسالة الجلال في الهلال من الاختلال، ورسالة في حكم الطلاق البدعي هل يقع أم لا، ورسالة في أن الطلاق لا يتبع الطلاق، ورسالة في حكم رضاع الكبير هل يقتضى التحريم أم لا، ورسالة تنبيه ذوي الحجا على حكم بيع الرجا، ورسالة القول المحرر في حكم لبس المعصفر وسائر أنواع الأحمر، وعقود الزبرجد في جيد مسائل علامة ضمد، ورسالة في إبطال دعوى الإجماع على تحريم السماع، ورسالة زهر النسرين في حديث المعمرين، وإتحاف المهرة في الكلام على حديث: لا عدوى ولا طيرة، وعقود الجمان في بيان حدود البلدان، وأخرى سماها إرشاد الأعيان إلى تصحيح ما في عقود الجمان ردا على السيد العلامة حسين ابن يحيى الديلمي، ورسالة حل الإشكال في إجبار اليهود على التقاط الأزبال، وأخرى ردا على مناقضها