أيضا وكما هو قائم وموجود فعلا، إذ إن هناك الكثير من الباحثين والمفسرين في العصور المتأخرة اعتمدوا المنهج الموضوعي ومع ذلك توصلوا إلى نتائج مختلفة ومتناقضة.
إن التناقضات العقائدية يمكن إرجاعها إلى سببين لا علاقة لهما بمنهجية التفسير، وهما:
الأول: فرض المتبنيات الذاتية للإنسان والتي يتبناها من خارج القرآن الكريم على القرآن الكريم ومعناه ومفهومه، وهذا هو (التفسير المتحيز).
وهذا التحيز إما أن يكون ناشئا من متبنيات عقائدية أو ميول نفسية، أو ترجيحات واستحسان ظني، أو التزامات معينة في أدوات الإثبات، أو اتجاهات ومصالح سياسية.
الثاني: وهو سبب موضوعي ومرجعه إلى أن المفسر لا يبذل الجهد المناسب أثناء القيام بعملية التفسير أو لا تكون لديه القدرة المناسبة على استيعاب المضمون القرآني في التفسير.
ومن الواضح أن هذين السببين ليس مما يختص بهما المنهج التجزيئي دون المنهج الموضوعي، كما أنه لا دليل على أن هذا المنهج من التفسير، وهو " أن يفسر القرآن الكريم آية آية أو قطعة قطعة " ينتهي إلى آراء مختلفة، لأننا اشترطنا في التفسير التجزيئي عدم تفسير هذه الآية أو هذه القطعة إلا بعد الرجوع إلى الآيات الأخرى من القرآن الكريم وإلى كل القرائن المؤثرة في فهم هذه القطعة ومن ثم استخلاص النتيجة منها، لا أن تؤخذ القطعة معزولة عن كل ما حولها مما قد يؤدي إلى وقوع النتائج السلبية المذكورة.