منهج التحقيق اعتمد في تحقيق كتاب " المقنعة " على ست نسخ مخطوطة، والنسخة المطبوعة طبعة حجرية:
1 - النسخة الأولى: وهي النسخة المحفوظة في مكتبة " آستان قدس رضوي " برقم (2618)، وهي بخط يوسف بن داود بن مغمس بن داود بن الحسن الفقيه البحراني، وهي نسخة مصححة، وأنهيت مقابلتها في اليوم الثاني من شهر صفر سنة (992 ه ق) والنصف الأخير منها غير منقوطة، ومع ذلك نسخة عالية جيدة، ورمز لها ب " ألف ".
2 - النسخة الثانية: وهي النسخة المحفوظة في مكتبة " آستان قدس رضوي " أيضا برقم (2619)، كتبت سنة (955 ه ق) بخطوط مختلفة، ولم يعلم كتابها، ورمز لها ب " ب ".
3 - النسخة الثالثة: وهي أيضا محفوظة في مكتبة " آستان قدس رضوي " برقم (5883)، وهي في الأصل من المكتبة الوطنية " كتابخانه ملي ملك "، وهي نسخة ناقصة، كثيرة الأغلاط، ودس فيها في باب الوضوء ليطابق مذهب العامة، ورمز لها ب " ج ".
4 - النسخة الرابعة: وهي النسخة المحفوظة في مكتبة آية الله المرعشي النجفي بقم، وهي بخط " شريف محمد قلي تركمان، وفيها سقط يسير، وخطها جيد، ولكن تاريخ كتابتها غير معلوم، ورمز لها ب " د ".
5 - النسخة الخامسة: وهي النسخة المحفوظة في مكتبة المدرسة الرضوية بقم المقدسة،