المتن وغيره في الهوامش مع ضبط الأقوال والنصوص.
4 صياغة الهوامش صياغة فنية مناسبة.
5 - المراجعة النهائية: وقد قام بمراجعة الكتاب بعد إكماله مراجعة نهائية وملاحظته من ناحية المتن والنواحي الفنية بعض الإخوة الفضلاء.
رابعا - صعوبات في طريق التحقيق:
ومن المناسب أن نشير هنا إلى جانب من الصعوبات التي واجهتنا في اخراج هذا الكتاب قل ما تخلو منها مؤلفات الشيخ الأعظم قد سره ولعل ذلك يرجع إلى عاملين أساسيين وهما:
أولا - إن ما تركه الشيخ قدس سره كان على نحو مسودات غير منتظمة تحتوي على هوامش وتعديلات كثيرة وعبارات مشطوب عليها بحيث يكون من الصعب - في بعض الموارد - تنظيمها وتنسيقها حتى لذوي الخبرة والاختصاص.
وثانيا - اجتهاد النساخ في تنظيم تلك العبارات وإدخال الحواشي في غير مواضعها المناسبة من المتن.
ونحن بدورنا تمكنا من كشف الكثير من الالتباسات الناشئة من جهة الاستنساخ في عدد من النسخ التي حصلنا فيها على نسخة الأم بينما وقفنا مكتوفي الأيدي بالنسبة إلى ما لم نحصل فيها على مخطوطة للشيخ قدس سره كما حصل بالنسبة إلى هذا الكتاب بالذات، ونذكر على سبيل المثال النماذج التالية:
1 - ما ورد في الصفحتين 37 و 38 من حيث ترتيب خمس عبارات فقد وردت مختلة في النسخ التي بأيدينا، ورتبناها حسب ما رأينا أنه أقرب إلى ما أراده المؤلف قدس سره مع إيراد الاختلافات في الهامش.
2 - ما ورد في هامش صفحة 51 حيث صرح بعض النساخ فيها بعدم اطلاعه على مكان العبارة في المتن.
3 - ما ورد في صفحة 56 وهي عبارة طويلة زهاء صفحة واحدة كتب ناسخ