دراسته وأساتيذه تلقى العلوم الأولية في بلده الأحساء على يد علمائها الأعلام، وفي مدة قليلة تفوق على جمع أقرانه ونال قصب السبق في كثير من العلوم والفنون.
ثم هاجر إلى العراق وحل عاصمة العلم والعلماء النجف الأشرف وراح يواصل دراسته على علمائها العظام خصوصا أستاذه الكبير الشيخ عبد الكريم الفتال.
وبعد مدة طويلة قضاها في النجف للتزود من العلم عزم على حج بيت الله الحرام وذلك سنة 877 ه فتوجه إلى الحجاز عن طريق الشام ونزل مدينة كرك نوح وفيها التقى بالشيخ الجليل علي بن هلال الجزائري وأقام عنده شهرا كاملا مستفيدا من علومه.
وأما أساتيذه فقد ذكر المصنف أربعة منهم في مقدمة كتابه العوالي وهم:
1 والده الشيخ زين الدين علي بن أبي جمهور الأحسائي.
2 السيد شمس الدين محمد بن كمال الدين موسى الموسوي الحسيني الأحسائي (1)، والظاهر أنه تلمذ عليهما في الأحساء.
3 الشيخ حسن بن عبد الكريم الفتال.
4 الشيخ علي بن هلال الجزائري.
مشائخه في الرواية ويروي عن جماعة من العلماء الأعلام ذكرهم المصنف في مقدمة هذا الكتاب وهم:
1 4 أساتيذه الأربعة المتقدم ذكرهم.
5 الشيخ حرز الدين الأوائلي الأوالي البحراني.
6 السيد شمس الدين محمد بن السيد أحمد الموسوي الحسيني.
7 الشيخ عبد الله بن فتح الله بن عبد الملك الفتحان الواعظ القمي القاساني.
تلاميذه والراوون عنه يروي عن المصنف جماعة من العلماء وفيهم من كان من تلاميذته وهم:
1 تلميذه المقرب إليه السيد محسن بن السيد محمد الرضوي القمي وتاريخ الإجازة له منتصف ذي القعدة 897 ه.
2 تلميذه الشيخ ربيعة ربيع بن جمعة العبري العبادي الجزائري.
3 السيد شرف الدين محمود بن السيد علاء الدين الطالقاني.
4 الشيخ محمد صالح الغروي الحلي أجازه بثلاث إجازات:
الأولى: مختصرة تاريخها 24 ربيع الثاني 896 ه.
الثانية: مبسوطة ذكر فيها المجيز 24 كتابا من تصانيفه، وتاريخها أول جمادي الأولى 896 ه.
الثالثة: متوسطة كتبها في قرية قلقان بأسترآباد وتاريخها منتصف جمادي الأولى 898 ه.
5 الشيخ علي بن عبد العالي المشتهر بالمحقق الكركي الثاني، ذكر ذلك في روضات الجنات (2).
أسفاره بعد الحج عاد إلى وطنه الأحساء وأقام بها قليلا ثم غادرها إلى زيارة أئمة العراق ع، وبعد الزيارة قصد خراسان لزيارة الإمام الرضا ع وفي الطريق ألف كتابه زاد المسافرين في أصول الدين.
ولما نزل المشهد الرضوي تعرف عليه السيد محسن بن السيد محمد الرضوي من وجهاء مشهد وفضلائها وحل المصنف ضيفا عنده، وأصبح السيد من تلاميذه والمصاحبين له، وذلك سنة 878 ه، وفي هذا العام حدثت المناظرة العلمية المعروفة بين ابن أبي جمهور والعالم الهروي من أهل السنة في ثلاث مجالس خرج فيها ابن أبي جمهور منتصرا.
ثم عزم على الإقامة في مشهد مجاورا للإمام الرضا ع، وفي حوالي سنة 893 ه‍ عزم على الحج مرة ثانية، وبعد أداء المناسك توجه إلى العراق للمرة الثالثة وذلك في أوائل سنة 894 ه ونزل النجف الأشرف للاشتغال بالعلم والتأليف وبها ألف كتابه المجلي لمرآة المنجي.
وفي أواخر سنة 895 ه غادر النجف عائدا إلى وطنه الثاني مشهد خراسان.
والظاهر أنه بقي مجاورا للرضا ع حتى وافاه الأجل المحتوم.
مناظرته مع العالم الهروي ولما استقر ابن أبي جمهور في مدينة مشهد اشتهر أمره وعظم صيته فقصده عالم سني من أهل هرات إحدى مدن أفغانستان وطلب منه المناظرة في أمر الخلافة وبعض المسائل الخلافية فاجابه المصنف إلى ذلك.
فعقدت الجلسة الأولى للمناظرة في منزل السيد محسن الرضوي وحضرها جمع من العلماء والفضلاء.
ثم عقدت جلسة أخرى في إحدى المدارس العلمية وبحضور جماعة من أهل السنة، وبعدها عقدت جلسة ثالثة في مكان آخر ودار فيها الحوار حول موارد من المسائل الخلافية. وازداد بذلك صيتا وسمعة، وأعجب به علماء خراسان، وطلب منه تسجيل ما حدث في كتاب مستقل، فأجابهم إلى ذلك فكان كتابه المعروف مناظرة بين الغروي والهروي.
ومن أراد تفاصيل هذه المناظرات فليرجع إلى الكتاب المذكور المطبوع مرارا.
أقوال العلماء فيه قال في مجالس المؤمنين ما ترجمته: الشيخ محمد بن علي... بن أبي جمهور، صيت فضائله بين الجمهور مشهور وفي سلك مجتهدي الامامية مذكور، مولده الشريف لحصا الأحساء، وفنون كمالاته خارج عن حد الاحصاء.