نتج هذا التفاوت من جراء ترقيم الأحاديث المكررة والمعطوفة على ما تقدمها بعبارة (مثله) أو نحوه عند طبع كتابي التهذيب والاستبصار، بينما اعتمدت النسخ الخطية منهما من قبل المؤلف ولم تؤخذ الأحاديث المكررة فيهما بعين الاعتبار من حيث عدد الأحاديث في الأبواب.
الرابع: في أغلب الأحيان تتم الإشارة في المتن إلى تسلسل الحديث في بابه، كأن يقال: في الحديث العاشر من الباب كذا، ونحن لم نعتمد على تسلسل الأحاديث في أبوابها في التخريج، بل اعتمدنا على تسلسلها العام في كل جزء، بغية تسهيل مراجعتها للقارئ، وفي المثال ربما يكون الحديث العاشر هو الحديث التسعين أو غير ذلك. مع أن المراد واحد، وربما يجد القارئ ان الحديث في المثال هو ليس العاشر في بابه لما ذكرناه في التنبيه الثاني.
الخامس: في هذه الفائدة دراسة رجالية موسعة بجميع طرق الشيخ الطوسي (قدس سره)، بحيث لم يترك طريق في التهذيب والاستبصار والفهرست إلا وقد حكم عليه بأنه صحيح، أو موثق، أو حسن، أو مختلف فيه، أو ضعيف، أو مجهول، كما سيأتي بيانه في أول الفائدة.
ونحن لم نعقب على الطرق الصحيحة أو المختلف فيها إلا نادرا، وركزنا الحديث في الهامش على بيان سبب الحكم في ما ورد فيه التصريح - في المتن - بأنه مجهول، أو ضعيف، أو حسن، أو موثق.
فإذا ما صرح بضعف طريق بحثنا في رجال ذلك الطريق رجلا رجلا وميزنا الضعيف فيهم، ثم نذكر بعد هذا في الهامش بأن الطريق المذكور ضعيف بفلان، لأنا لم نجد في ذلك الطريق من هو ضعيف غيره في كتب الرجال، بغض النظر عن اختلاف المباني العلمية في التوثيقات العامة،