ووصف حاله في فتنة الأفاغنة في مقدمة كتابه أصل الأصول قائلا...
هذا مع تشتت الحال وتوزع البال إذ قد وقع هذا السؤال حين جرد الزمان على أهاليه سيف العدوان، وذلك بغلبة عساكر الأفغان على بلدة أصفهان، وإهلاك من كان فيها من معظم المتوطين والسكان، وإبادة ما كان فيها وفي حواليها من البلدان، وإفناء أكثر المؤمنين، ولا سيما العشائر والأقارب والإخوان، وفراري منها إلى بلدة قم بلدة أمن وأمان حماها الله تعالى من طوارق الحدثان وآفات الأفغان، واغترابي فيها، وبعدي عن الأهل والأوطان... وتوفي بعد سنة 1180.
وله مؤلفات منها: كتاب أصل الأصول الطبعة الأولى ضمن المجلد الثالث من كتاب منتخباتي از آثار حكماء الهي إيران سنة 1976 م، والطبعة الثانية في كتاب مستقل يقع في 178 صفحة العروة الوثقى في امامة أئمة الهدى في مجلد كبير في الكلام منها، حاشية على الحاشية الجليلة الجلالية وعلى الحاشية الشريفة وعلى شرح المطالع، الجبر والتفويض، كتاب القضاء والقدر، رسالة في قاعدة الواحد، تعليقات على شرح جديد التجريد، كتاب شرح الإشارات، شرح أصول الكافي، رسالة في تشكيك الوجود.
قال عنه السيد جلال الآشتياني في مقدمة أصل الأصول أنه من مشاهير المدرسين في الحوزة العلمية بأصفهان في القرن الثاني عشر من الهجرة النبوية الشريفة...
وذكر في أعيان الشيعة وفي الذريعة وطبقات أعلام الشيعة.
5 ومنهم الشيخ محمد جعفر بن الشيخ محمد تقي.
تخرج على والده وعلى السيد نصر الله الحائري الشهيد في القسطنطنية سنة 1158 ويروي عنه، ثم استقر في قزوين ورأس فيها.
6 ومنهم الشيخ محمد تقي بن الشيخ محمد نعيم الشهير بملا نعيما ابن الشيخ محمد تقي.
تخرج على والده ملا نعيما، وانتهى إليه تدريس الفلسفة في قزوين.
7 ومنهم الشيخ يوسف الحكمي ابن المولى الشيخ محمد تقي بن المولى ملا نعيما.
تخرج على والده والشيخ محمد البيدآبادي المتوفى سنة 1197، والشيخ علي النوري المتوفى سنة 1246 وغيرهم، ثم رجع إلى موطنه قزوين وقام بتدريس الفلسفة بالمدرسة الصالحية في قزوين.
ترك مؤلفات وتحقيقات منها: حواشي على الأسفار، رسالة في حدوث العالم، رسالة في القضاء والقدر، حواشي على العرشية، حواشي على المشاعر وغيرها، توفي حدود سنة 1276 عن عمر طويل.
8 ومنهم الشيخ الحكمي القزويني ابن الشيخ جعفر بن المولى الشيخ محمد تقي.
تخرج في الحكمة والفلسفة على الشيخ علي النوري والشيخ إسماعيل الأصفهاني وأخذ العرفان من السيد رضي وغيرهم، ثم رجع إلى موطنه قزوين وقام بتدريس الفلسفة، بالمدرسة الصالحية لأكثر من نصف قرن.
وهو الذي ناقش الشيخ أحمد الأحسائي في المسائل العقلية في المجلس الذي حضره جمع من علماء الفريقين وهو المجلس الذي انتهى بتكفير الشيخ أحمد الأحسائي.
وذكره السيد جلال الدين الآشتياني قائلا أنه كان من المتبحرين في أفكار مدرسة ملا صدرا الشيرازي، وأن الأستاذين الآقا علي والآقا محمد رضا كانا يرجحانه على الحاج ملا هادي السبزواري. وسكن قزوين وكف بصره في أواخر عمره.
توفي سنة 1285 عن عمر يقارب المئة العام، وترك حواشي مهمة على الاسفار وله رسالة في العرفان وحواشي على العرشية وغيرها.
وكان ولده الشيخ أحمد آل الحكمي من خواص الشيخ ميرزا حسين الخليلي في النجف. ثم استقر في قزوين، وكان من أئمة الجماعة في مسجد الشاه، وشارك في الانقلاب الدستوري في إيران.
9 ومنهم الشيخ علي أصغر بن الشيخ محمد يوسف القزويني وهو ابن أخ الشيخ محمد كاظم الطالقاني.
تخرج على الشيخ خليلا القزويني وأخيه الشيخ محمد باقر القزويني وآقا رضى القزويني ثم تصدى للتدريس، له مؤلفات منها شرح عدة الأصول لأستاذه ملا خليلا. وحواشي على نهج البلاغة وكتاب سفينة النجاة في الأدعية، ورموزا التفاسير، وتنقيح المرام. ذكره الحر العاملي في كتابه أمل الآمل توفي سنة 1117.
خلف ولدين هما: الشيخ محمد مهدي صاحب المؤلفات منها شرح مغني اللبيب وغنية الطالب، وعين الحياة في الأدعية وغيرها.
والثاني الشيخ محمد مؤمن، له مؤلفات منها شرح الزبدة للشيخ البهائي.
10 ومنهم الشيخ محمد بن الشيخ محمد تقي.
أخذ الفقه والأصول من والده الشيخ محمد تقي وعمه الشيخ محمد صالح وشريف العلماء والشيخ محمد حسن صاحب الجواهر وغيرهم.
وتخرج في الفلسفة على ملا آغا وملا يوسف الحكميين القزوينيين.
وهو صهر عمه الشيخ محمد صالح البرغاني المترجم على ابنته قرة العين. ورزق منها ثلاثة أولاد ذكور هم الشيخ إسماعيل والشيخ إبراهيم والشيخ إسحاق.
11 ومنهم الشيخ إسماعيل بن الشيخ آقا محمد بن الشيخ محمد تقي آل قرة العين كان عالما أديبا شاعرا متكلما.
تخرج على والده ووالدته قرة العين، وجده لأبيه، وجده لأمه الشيخ محمد صالح البرغاني، والشيخ محمد حسن صاحب الجواهر والشيخ مرتضى الأنصاري، والسيد حسين الكوهكمرئي.
وأخذ الحكمة والفلسفة من ملا آغا وملا يوسف الحكميين القزوينيين، والميرزا عبد الوهاب البرغاني.
استقر في قزوين وسكن زمانا في طهران.
من مؤلفاته نوادر الحكمة، وأصول الفقه، وديوان شعر، توفي سنة