إليك النعمة بولينا وإمامنا وابن نبينا - ويسمى إمام عصره - هادينا إليك، والدليل لنا عليك، ونسألك أن تصلى عليه وعلى آبائه وأن تؤيده بنصر تعز به دينك وتنصر به أولياءك، واجمع اللهم القلوب على طاعتك وطاعته والتدين بإمامته وانصره على أعدائه (1) المارقين، إله الخلق (2)، رب العالمين، اللهم ثبت اليقين في قلبي، وزدني هدى ونورا (3) ومعرفة (4)، واهدني إلى صراطك المستقيم آمين، آمين (5)، وأسألك يا رب في الدنيا حسنة وفى الآخرة حسنة، وأسألك أن تقيني (6) عذاب النار.
وعن جعفر بن محمد صلوات الله عليه أنه قال: والقنوت في الفجر في الركعة الثانية بعد القراءة وقبل الركوع.
وروينا عن أهل البيت صلوات الله عليهم في الدعاء في قنوت الفجر وجوها كثيرة، ومن أحسن ما فيها وكله حسن (7) أن تقول: اللهم إنا نستعينك (8) ونستغفرك ونثنى عليك الخير ولا نكفرك، ونخشع لك ونختلع (9) ممن يكفرك، اللهم إياك نعبد ولك نصلى ونسجد وإليك نسعى ونحفد، نرجو رحمتك ونخشى (10) عذابك، إن عذابك بالكافرين ملحق، اللهم عذب (11)، الكافرين والمنافقين والجاحدين لأوليائك الأئمة من أهل بيت نبيك الطاهرين، وأنزل عليهم رجزك وبأسك وغضبك وعذابك، اللهم عذب كفرة أهل الكتاب والمشركين (12)، اللهم اغفر للمؤمنين والمؤمنات وأصلح يا رب ذات بينهم وألف كلمتهم وثبت في قلوبهم الايمان والحكمة وثبتهم على ملة نبيك وانصرهم على عدوك وعدوهم، اللهم اهدني فيمن هديت وتولني فيمن توليت وبارك لي فيما أعطيت وعافني فيمن عافيت وقني شر ما قضيت، إنك تقضى ولا يقضى عليك، ولا يذل من واليت ولا يعز من عاديت، تباركت وتعاليت، لا إله