12 - مناهج الهداية، ومعارج الدراية: ذكره في الخلاصة وفي بعض النسخ منها منهاج الهداية ومعراج الدراية كما في الذريعة.
13 - نهج الحق وكشف الصدق: وهو الكتاب الذي بين يدي القارئ كتبه إجابة لطلب السلطان محمد خدابنده - عبد الله - الملك المغولي الذي رفض الكفر واعتنق الإسلام.
14 - منهاج الكرامة في الإمامة، وهو منهاج السلامة إلى معراج الكرامة: رتبه على فصول ستة، طبع مكررا بإيران. وعليه ردود من علماء السنة.
منها سد الفتيق المظهر، وصد الفسيق ابن المطهر، لزين الدين سريحان بن محمد الملطي المتوفى سنة 788 ه‍. كما في كشف الظنون.
ومنها منهاج السنة للمعاصر له أحمد بن عبد الحليم بن تيمية الحنبلي المتوفى سنة 728 ه‍. وقد أفرط في الافتراء والتوهين والسباب مكان الحجة والبرهان.
15 - استقصاء النظر في القضاء والقدر: كتبه بطلب من الشاه خدابنده - عبد الله - وطبع أخيرا في النجف.
16 - الرسالة السعدية في أصول الدين وفروعه: كتبه للخواجة سعد الدين الساوجي الوزير. وهي مطبوعة.
17 - الألفين، الفارق بين الصدق والمين: كتبه بطلب من ولده فخر الدين ولم يتمه.. يذكر في مقدمته: أنه عزم أن يذكر فيه ألف دليل من العقل والنقل على إمامة أمير المؤمنين عليه السلام، وألف دليل على إبطال شبه الطاعنين، إلا أنه لم يكمله.
18 - تسليك النفس إلى حظيرة القدس: مخطوط موجود. وقد شرحه تلميذه وابن أخته السيد نظام الدين عبد الحميد العميدي.