وغاب عن المسلمين يوم بدر ويوم أحد، وعن بيعة الرضوان وهو كان السبب في أن معاوية حارب عليا - عليه السلام - على الخلافة، ثم آل الأمر إلى أن سب بنو أمية عليا - عليه السلام - على المنبر، وسموا الحسن، وقتلوا الحسين، وشهروا أولاد النبي - صلى الله عليه وآله وسلم - وذريته في البلاد يطاف بهم على المطايا (1)، فآل الأمر إلى الحجاج حتى إنه قتل من آل محمد اثني عشر ألفا وبني كثيرا منهم في الحيطان وهم أحياء، وكل السبب في هذا أنهم جعلوا الإمامة بالاختيار والإرادة، ولو أنهم اتبعوا النص في ذلك ولم يخالف عمر بن الخطاب النبي - صلى الله عليه وآله وسلم - في قوله: " آتوني بدواة وبيضاء لأكتب لكم كتابا لن تضلوا بعدي أبدا " (2)، لما حصل الخلاف وهذا الضلال.
قال يوحنا: يا علماء الدين هؤلاء الفرقة الذين يسمون الرافضة هذا اعتقادهم الذي ذكرنا، وأنتم هذا اعتقادكم الذي قررناه، ودلائلهم هذه التي سمعتموها، ودلائل هذه التي نقلتموها.
فبالله عليكم أي الفريقين أحق بالأمر إن كنتم تعلمون؟
فقالوا بلسان واحد: والله إن الرافضة على الحق، وإنهم المصدقون على أقوالهم، لكن الأمر جرى على ما جرى فإنه لم يزل أصحاب الحق مقهورين، واشهد علينا يا يوحنا إنا على موالاة آل محمد، ونتبرأ من أعدائهم، إلا أنا نستدعي منك أن تكتم علينا أمرنا لأن الناس على دين ملوكهم.
قال يوحنا: فقمت عنهم وأنا عارف بدليلي، واثق باعتقادي بيقين