ونذكر هنا أهم تصانيفه قدس الله روحه 1 - روض الجنان في شرح إرشاد الأذهان: والإرشاد للعلامة الحلي رحمه الله. وهو شرح مزجي خرج منه مجلد في الطهارة والصلاة. وهو أول ما ألفه، كما ذكره ابن العودي. وقد طبع في إيران سنة (1307) (1).
2 - الروضة البهية في شرح اللمعة الدمشقية: واللمعة للشهيد الأول محمد بن مكي العاملي قدس الله روحه المتوفى سنة (786). ومن غريب الاتفاق، اهتمام الشهيد الثاني بشرح كتب الشهيد الأول، فكأنه كان يعلم أن مصيرهما واحد. وهذا الكتاب من محاور دراسة الفقه لدى الطلاب المبتدئين في الحوزات العلمية حتى زماننا هذا، وطبع مرارا. وقد شرح وعلق عليه من الحواشي بما يزيد على سبعين كتابا (2). ولئن دل هذا على شئ فإنما يدل على تضلع الشهيدين رحمهما الله في الفقه وخلوص نيتهما في خدمة الدين الحنيف.
3 - مسالك الأفهام إلى تنقيح شرائع الإسلام. وهذا الكتاب الذي بين يدي القارئ وسيأتي تفصيل البحث عنه.
4 - تمهيد القواعد الأصولية والعربية لتفريع الأحكام الشرعية: جارى به ما ألفه الأسنوي الشافعي في هذا الباب ورتبه على قسمين، في أولهما مائة قاعدة من القواعد الأصولية مع بيان ما يتفرع عليها من الأحكام، وفي ثانيهما مائة قاعدة من القواعد العربية كذلك ورتب لها فهرسا مبسوطا لتسهيل تناول الطالب. قال الشهيد قدس سره بشأن هذا الكتاب: " وهو كتاب واحد في فنه بحمد الله ومنه ومن وقف على الكتاب المومى إليه علم حقيقة ما نبهنا عليه ". طبع بإيران (3).