وكان عبد الله بن جعفر، قد أضاق وأخل في آخر عمره، فأتاه رجل فسأله فقال: إن حالي متغيرة لفوت السلطان وحوادث الزمان، ولكني أعطيك ما أمكن. فأعطاه رداءا كان عليه، ثم دخل منزله ثم قال: اللهم استرني بالموت. فما مكث بعد ذلك إلا أياما حتى مرض ومات رضي الله تعالى عنه.
وتوفي عبد الله بن جعفر سنة تسعين وله تسعون سنة. وقال بعضهم:
توفي في سنة ثمانين، وصلى عليه والي المدينة من قبل عبد الملك. والأول أثبت.