وعسل قدم بين يديه فأكل منه فمات فولى علي محمد بن أبي بكر فسار إليه عمرو بن العاص فاقتتلوا فانهزم محمد بن أبي بكر فدخل في خربة فيها حمار ميت فدخل في جوفه فأحرق في جوف الحمار، وقيل: بل قتله معاوية بن حديج في المعركة ثم أحرق في جوف الحمار بعد ويقال: إنه أتي به عمرو بن العاص فقتله صبرا، روى شعبة وابن عيينة عن عمرو بن دينار قال: أتي عمرو بن العاص بمحمد أبي بكر أسيرا فقال: هل معك عهد؟ هل معك عقد من أحد؟ - قال: لا، فأمر به فقتل.
وكان علي بن أبي طالب يثني على محمد بن أبي بكر ويفضله لأنه كانت له عبادة واجتهاد، وكان ممن حضر قتل عثمان (إلى آخر ما قال)).
وقال ابن حجر في الإصابة ضمن ترجمته:
(وشهد محمد مع علي الجمل وصفين ثم أرسله إلى مصر أميرا فدخلها في شهر رمضان سنة سبع وثلاثين فولي عمارتها لعلي ثم جهز معاوية عمرو بن العاص في عسكر إلى مصر فقاتلهم محمد وانهزم ثم قتل في صفر سنة ثمان، حكاه ابن يونس وقال: إنه اختفى لما انهزم في بيت امرأة فأخذ من بيتها فقتل، وقال ابن عبد البر:
كان علي يثني عليه ويفضله وكانت له عبادة واجتهاد ولما بلغ عائشة قتله حزنت عليه جدا وتولت تربية ولده القاسم فنشأ في حجرها فكان من أفضل أهل زمانه)).
وقال ابن الأثير في أسد الغابة ضمن ترجمته:
(تزوج علي بأمه أسماء بنت عميس بعد وفاة أبي بكر وكان أبو بكر تزوجها بعد قتل جعفر بن أبي طالب وكان ربيبه في حجره وشهد مع علي الجمل وكان على الرجالة وشهد معه صفين ثم ولاه مصر فقتل بها، وكان ممن حصر عثمان بن عفان ودخل عليه ليقتله فقال له عثمان: لو رآك أبوك لساءه فعلك فتركه وخرج، ولما ولي مصر سار إليه عمرو بن العاص فاقتتلوا، فانهزم محمد ودخل خربة فأخرج منها وقتل وأحرق في جوف حمار ميت. قيل: قتله معاوية بن حديج السكوني، وقيل: قتله عمرو بن العاص صبرا. ولما بلغ عائشة قتله اشتد عليها وقالت: كنت أعده ولدا وأخا، ومذ أحرق لم تأكل عائشة لحما مشويا، وكان له فضل وعبادة