العلوم العقلية وقال الزركلي: الأسرار الخفية في المنطق والطبيعي والإلهي ثلاثة أجزاء.
من أهم نسخه.
نسخة في مكتبة آية الله الحكيم العامة في النجف رقم 380 بخط المؤلف.
نسخة في مكتبة فيض الله أفندي في إسلامبول رقم 2182 كتبت في سنة 744 وهي من أول الطبيعيات إلى نهاية الكتاب ذكرت في نوادر المخطوطات 1 / 180.
نسخة في مكتبة عثمان اوجاق في ديار بكر بتركيا كتبت في سنة 744 ذكرت في نوادر المخطوطات 1 / 180.
نسخة في مكتبة كوبرلي في اسلامبول رقم 862 كتبها الحسن بن الحسين العلوي في الرابع من رجب سنة 773 وفي نهايتها بلاغ المقابلة والتصحيح ذكرت في فهرسها 1 / 422 (1).
(11) الإشارات إلى معاني الإشارات.
هو أحد الشروح الثلاثة للعلامة على كتاب الإشارات والتنبيهات لابن سينا ذكر في نسخة الخلاصة التي اعتمد عليها في البحار وذكر أيضا في نسخة الإجازة التي اعتمد عليها في الرياض والبحار وفيهما أنه مجلد وفي الذريعة: الإشارات إلى معنى الإشارات... وكذا ذكره الشيخ شمس الدين محمد بن علي بن خواتون في إجازته الكبيرة وفي الأعيان نقل عن الشيخ البهائي في حواشي الخلاصة أن للعلامة شرحا للإشارات وأنه عنده بخطه فيحتمل أن يكون هذا ويحتمل أن يكون بسط الإشارات الآتي (2).
(12) الألفين الفارق بين الصدق والمين.