نسخة في مكتبة مجلس الشيوخ الإيراني السابق (سنا) رقم 20 كتبت في القرن الثامن أو التاسع عن نسخة الأصل بخط المصنف تبدأ بالآية 208 من سورة البقرة وحتى نهاية سورة آل عمران ذكرت في فهرسها 1 / 14 وعنها مصورة في جامعة طهران رقم 1751 ذكرت في فهرسها 1 / 288 (1).
(17) إيضاح المعضلات من شرح الإشارات.
ذكره في الخلاصة كما في النسخة التي اعتمد عليها في البحار وكذا ذكره في الإجازة كما في النسخة التي اعتمد عليها في البحار والرياض وفي الإجازة المطبوعة: إيضاح المعضلات في شرح الإشارات مجلد.
والإشارات لأبي علي ابن سينا وشرحه للمحقق الطوسي والموسوم بحل مشكلات الإشارات فالعلامة أوضح معضلات شرح النصير الطوسي على الإشارات (2).
(18) إيضاح المقاصد من حكمة عين القواعد.
ذكره في الخلاصة وعين القواعد - الذي هو في المنطق - لعلي الكاتبي القزويني المتوفى سنة 675 ولما التمس منه بعض طلبته بعد ما فرغوا من بحث رسالة عين القواعد أن يضيف إليها رسالة في الإلهي والطبيعي فأجاب وسماها حكمة العين فالعلامة شرح حكمة العين.
من أهم نسخه:
نسخة في مكتبة الشعب في مدينة أدانا في تركيا ضمن المجموعة رقم 3 / 177 كتبها جعفر الاسترآبادي في شهر رمضان سنة 707 ذكرت في الفهرس الموحد لمخطوطات تركيا 1 / 860.