ذكره في الخلاصة كتبه بالتماس ولده فخر المحققين مرتب على مقدمة وألف دليل في إثبات إمامة الأئمة ولا سيما علي عليه السلام بل في عصمتهم وألف دليل على إبطال إمامة الخلفاء الجائرين وخاتمة ولم يكن مرتبا فرتبه ولده فخر الدين وليس الموجود في النسخ المتداولة من الألف الثاني إلا يسيرا يقرب من نيف وثلاثين دليلا والظاهر أن فخر المحققين لم يظفر على بقية الكتاب عند ترتيبه وأنه تلفت كراريس منه طول تلك المدة بعد وفاة والده.
من أهم نسخه.
نسخة في مكتبة الإمام الرضا عليه السلام رقم 29 كتبت في 16 من ربيع الأول سنة 784.
نسخة في مكتبة فخر الدين النصيري في طهران كتبت في سنة 754 (1).
(13) أنوار الملكوت في شرح الياقوت.
ذكره المصنف في الخلاصة كما في النسخة التي اعتمد عليها في الرياض والمجالس والروضات وفي الخلاصة المطبوعة: أنوار الملكوت في شرح فص الياقوت والياقوت في علم الكلام للنوبختي وشرحه المصنف بعنوان قال أقول وللسيد عميد الدين ابن أخت المصنف شرح على الأنوار.
من أهم نسخه:
نسخة في مكتبة ملك في طهران ضمن المجموعة رقم 1632 كتبت في 27 من شوال سنة 709 ذكرت في فهرسها 5 / 314.
نسخة في مكتبة محمد الآخوندي في طهران كتبها أحمد بن محمد بن الحداد في 4 ذي القعدة سنة 723 عن خط المصنف وجاء في هامشها: قابلته مرارا ودرسته بحمد الله وحسن توفيقه.