هجرية. وفي عصر الكامل الأيوبي بنيت المنارة على باب المشهد عام 634، تعلو الباب الأخضر تهدم معظمها ولم يبق منها حتى الآن إلا القاعدة المربعة وعليها لوحتان تثبتان ذلك. وفي عصر الصالح نجم الدين أيوب (637 - 647 هجرية)، احترق بناء المشهد في عام 640 هجرية. وقد رممه الصالح ووسعه، وألحق به ساقية وميضأة، ووقف عليه أراضي، وظلت العناية بالمشهد الحسيني أيام المماليك.
فالظاهر بيبرس حين بيعت قطعة أرض بجانب المشهد من حقوق القصر الفاطمي، رد ثمنها وهو 6 آلاف درهم ووقها على الجامع. ثم إن الناصر محمد بن قلاوون وسع المسجد عام 684 هجرية. وفي العصر العثماني، تم توسيع المسجد نظرا للاقبال الشديد عليه من جماهير مصر المؤمنة، وضعت له مقصورة من أبنوس مطعم بالصدف عليه ستر من الحرير المزركش، ونقلت إلى المشهد الحسين في احتفال كبير وصفه الجبرتي بأنها حملت وأمامها طائفة الرفاعية والصوفية بطبولهم وأعلامهم، وبأيديهم المباخر القضية وبخور العود والعنبر، وبأيديهم قماقم ماء الورد يرشونه على الناس. أما عبد الرحمن كتخدا، فقد أعاد بناء المسجد عام 1175 هجرية وعمل له صهريجا وحنفية، وخصص رواتب لخدمه وسدنته، ثم إنه في عهد الخديو إسماعيل كما يقول علي باشا مبارك - أعاد عمارته وتشييده واستغرق ذلك عشر سنوات وفرش بالفرش النفيسة، ونور بالشموع والزيوت الطيبة والأنفاس الغازية في قناديل البلور ورتبوا له فوق الكفاية من الأئمة والمؤذنين والمبلغين والبوابين والفارشين والكناسين والوقادين والسقايين ونحو ذلك، وأوقفوا عليه أوقافا جمة بلغ إيرادها نحو ألف جنيه في السنة.
وكما يقول علي المبارك أيضا: إنه فتح بجوار الجامع عام 1295 ه (1878 م) شارع السكة الجديدة. وعلي مبارك نفسه كمهندس قام بتصميم البناء الحالي. وقد صرف على هذه العمارة 79 ألف جنيه من ميزانية الأوقاف، هذا عدا ما تبرع به الأمراء وعلية القوم.