من كراماته عليه السلام رواها جماعة:
فمنهم العلامة يوسف بن إسماعيل النبهاني المتولد 1265 والمتوفى 1350 ه في (جامع كرامات الأولياء) (ج 2 ص 4 ط مصطفى البابي وشركاه بمصر) قال:
جعفر الصادق أحد أئمة ساداتنا آل البيت الكبار، كان رضي الله عنه إذا احتاج إلى شئ قال: يا رباه أنا محتاج إلى كذا، فما يستتم دعاءه إلا وذلك الشئ بجنبه موضوعا. قاله الشعراني.
قال المناوي: من كراماته أنه سعي به عند المنصور، فلما حج أحضر الساعي وأحضره وقال للساعي أتحلف؟ فقال نعم، فقال جعفر للمنصور حلفه؟ بما أراه فقال حلفه، فقال قل برئت من حول الله وقوته والتجأت إلى حولي وقوتي لقد فعل جعفر كذا وكذا، فامتنع الرجل ثم حلف، فما تم حتى مات مكانه.
ومنها: أن بعض البغاة قتل مولاه، فلم يزل ليلته يصلي ثم دعا عليه عند السحر فسمعت الضجة بموته.
ومنها: أنه لما بلغه قول الحكم بن العباس الكلبي في عمه زيد:
صلبنا لكم زيدا على جذع نخلة * ولم نر مهديا على الجذع يصلب قال: اللهم سلط عليه كلبا من كلابك، فافترسه الأسد.
قال الإمام الشلي: من كراماته أن بني هاشم أرادوا أن يبايعوا محمدا وإبراهيم بن عبد الله المحض بن الحسن المثنى، وذلك في أواخر دولة بني مروان وضعفهم، فأرسلوا لجعفر الصادق، فلما حضر أخبروه بسبب اجتماعهم فأبى فقالوا مد يدك لنبايعك، فامتنع وقال: والله إنها ليست لي ولا لهما، إنها لصاحب القباء الأصفر، والله ليلعبن بها صبيانهم وغلمانهم، ثم نهض وخرج، وكان المنصور العباسي يومئذ حاضرا وعليه قباء أصفر، فما زالت كلمة جعفر تعمل فيه حتى ملكوا.